L’outil de comptage PHYTOBS permet le comptage du phytoplancton au microscope. Il est conforme à la norme Utermöhl, NF-EN 15204, relative au comptage du phytoplancton en microscopie inversée. De même il respecte le protocole standardisé d’échantillonnage du phytoplancton en plan d'eau dans le cadre de la DCE et peut de ce fait servir aussi dans cet optique. Le comptage d’un échantillon selon deux stratégies différentes est aussi possible. Différentes options et fonctions permettent de synthétiser et d'exporter les résultats en vue de la bancarisation, de calculer des biovolumes ou encore de quantifier le biovolume de cyanobactéries potentiellement productrices de cyanotoxines. Il permet de réaliser des calculs de l’indice phytoplancton lacustre (IPLAC) et d’en exporter les résultats de manière synthétique et illustrée. Un des boutons permet d’accéder à la liste taxinomique de référence des algues potentiellement rencontrées en France avec leur phylogénie et leur codification SANDRE. Ce logiciel, libre de droit, est sous licence GPL v3. Il a été déposé en 2017 à l’Agence pour la Protection des Programmes (APP) et possède la référence Inter Deposit Digital Number suivante : IDDN.FR.001.530010.000.S.C.2017.000.30200.