Les cyanobactéries sont des bactéries photosynthétiques à Gram négatif dont la pigmentation varie du bleu-vert au rouge. Elles sont encore parfois désignées, à tort du point de vue biologique, sous le terme d’algues bleues. Les cyanobactéries se développent dans les milieux terrestres et aquatiques, qu’ils soient saumâtres, marins ou dulçaquicoles. Lorsque les conditions environnementales (température, nutriments) leur sont favorables, elles peuvent alors proliférer de manière massive et rapide (en quelques jours), on parle alors d’efflorescence (ou « bloom » en anglais). Dans certains cas, ces proliférations entraînent un changement de couleur de l’eau, une odeur nauséabonde et/ou leur accumulation à la surface de l’eau. Certaines espèces de cyanobactéries produisent des toxines appelées cyanotoxines qui peuvent présenter des effets néfastes pour la santé humaine et animale. La présence de cyanobactéries est observée de plus en plus fréquemment, sur tous les continents, expliquant la préoccupation internationale croissante au regard des conséquences écologiques, sanitaires et économiques associées. En 1998, le programme EFFLOCYA, initié par les ministères en charge de la santé et de l’environnement, a mis en évidence le fait que la prolifération de cyanobactéries capables de libérer des toxines dans les eaux brutes utilisées pour la production d’eau destinée à la consommation humaine (EDCH) et les eaux de baignades constitue un risque sanitaire émergent. Suite à ces travaux, le ministère chargé de la santé a saisi en 2001 l’Agence française de la sécurité sanitaire des aliments (Afssa) afin d’effectuer une évaluation des risques liés à la présence de cyanobactéries dans les EDCH. Cette demande a été complétée en mars 2004 par une saisine de l’Agence française de sécurité sanitaire de l’environnement et du travail (Afsset) par les ministères chargés de l’environnement et de la santé. L’Afsset devait évaluer les risques sanitaires encourus par les baigneurs et les autres usagers des plans et cours d’eau et proposer des valeurs limites de qualité relatives à la concentration de cellules et/ou toxines dans les eaux de baignade. En juillet 2006, les deux agences ont publié un rapport commun (Afssa – Afsset, 2006) en réponse à ces deux saisines. L’Agence recommandait alors d’acquérir des connaissances sur les toxines et les ressources dans le but de pouvoir évaluer les risques liés aux cyanotoxines. C’est ainsi que depuis la parution de ce rapport, de nombreux résultats d’analyses de cyanotoxines et cyanobactéries dans les ressources utilisées pour produire de l’EDCH, dans les EDCH elles-mêmes et les eaux récréatives ont été colligés par les Agences régionales de santé (ARS). Ces données ont entre autres choses révélé la présence de cyanobactéries susceptibles de produire des cyanotoxines - pour lesquelles il n’existe aucune valeur sanitaire acceptable dans des retenues d’eau destinées à produire de l’EDCH - que ce soit en métropole ou dans les territoires ultramarins, où peu de données sont cependant disponibles. Par ailleurs, malgré les recommandations formulées en 2006, il existe toujours des difficultés et une grande disparité dans la gestion des risques des eaux de baignade contaminées par des cyanobactéries. Pour ces différentes raisons, la Direction Générale de la Santé (DGS) a sollicité l’Anses afin qu’elle actualise son expertise de 2006 à la lumière des nouvelles connaissances disponibles. [Saisine liée n°2015-SA-0206]