La sélection artificielle, à l'origine des espèces animales et végétales utilisées en agriculture, a longtemps été appliquée à l’échelle de l’individu. Il est possible de transposer cette procédure sur des holobiontes, communautés ou écosystèmes ; toutefois, cela ajoute un niveau de complexité puisque le phénotype cible de la sélection résulte de la présence de plusieurs espèces et, potentiellement, de leurs interactions. L'ambition de ce projet est i) de déterminer si une diversité génétique microbienne élevée permet d'améliorer l'efficacité de la sélection artificielle de communautés microbiennes et ii) de déterminer si les interactions entre espèces sont impliquées dans la mise en place du phénotype d’une communauté et si elles évoluent au cours de la sélection artificielle. Une première démarche de sélection artificielle de communautés bactériennes reconstruites en laboratoire a permis de mettre en évidence que l’effet d’une sélection pour une productivité élevée tend à être influencé par la richesse initiale de la communauté sélectionnée, de façon non linéaire. Dans une deuxième approche, la productivité de communautés bactériennes composées d’espèces ayant une histoire évolutive commune ou non a été mesurée. L’analyse de ces résultats permettra de déterminer si les interactions interspécifiques peuvent être des unités de sélection et ainsi contribuer à l’évolution d’une communauté. Enfin, nous discuterons du rôle des interactions dans la mise en place du phénotype d’une communauté en analysant la prédictibilité du profil métabolique d'une communauté sur la base des capacités métaboliques des individus qui la composent. L'ensemble des résultats permettra de contribuer à la compréhension des dynamiques écologiques et évolutives à des niveaux d'organisation supérieurs à celui de l'individu