Depuis quelques années le cours d’eau du Boudigau dans les Landes (40), fait l’objet d’épisodes de prolifération de cyanobactéries, micro-organismes producteurs potentiels de toxines pouvant engendrer des risques sanitaires et environnementaux. Le suivi de la dynamique des populations des cyanobactéries et de ses toxines potentielles se révèle être un facteur clé conditionnant les usages le long du cours d’eau du Boudigau mais aussi les activités en aval dans le port de Capbreton et le lac d’Hossegor (ce dernier pouvant recevoir les eaux du Boudigau sous certaines conditions de marée). Le projet CYANOSAFE, développé par des ingénieurs-chercheurs d’INRAE en collaboration avec le Syndicat Mixte de Rivières Côte Sud (SMRCS) et la start-up Microbia Environnement, vise par l’adaptation et l’usage de différents outils et technologies innovants (fluorimètre AlgaeTorch, biocapteurs génétiques, kit ELISA, etc.) d’anticiper et de maîtriser le danger lié à la présence des cyanobactéries afin d’assurer une gestion optimisée des sites considérés comme à risque sur ce territoire. Des campagnes d’échantillonnage et de mesures ont été mises en œuvre au cours des années 2019 et 2020 sur différentes stations du Boudigau. Les protocoles de mesures ont pu être finalisés voire adaptés au contexte de ce cours d’eau. Les mesures réalisées avec les différents outils ont pu être comparées entre elles et avec les résultats de biovolumes obtenus par microscopie inversé. Cette étude montre que le Boudigau présente un risque sanitaire et environnemental important lié à la présence de cyanobactéries toxinogènes venant du Marais d’Orx lors des phases de pompage : genres Planktothrix et Dolichospermum. Les résultats ont pu mettre en évidence la présence de microcystines en 2020. La sonde AlgaeTorch s’avère utile pour suivre à haute fréquence l‘évolution des biomasses de cyanobactéries dans le cours d’eau. Cependant, elle nécessite d’être calibrée avec une souche de Planktothrix afin de fournir des mesures plus justes. Les biocapteurs génétiques ont pu être déployés sur l’ensemble du site pour parfaire leur développement. Le biocapteur Planktothrix a été validé et une valeur de 2 pM, équivalente au seuil de 1 mm3/l proposé par l’Anses a pu être définie. Le biocapteur AnabaenaDolichospermum-Aphanizomenon est prometteur mais il doit encore être affiné pour améliorer les corrélations avec les dénombrements microscopiques. Ainsi grâce aux résultats de cette étude, le SMRCS disposera d’outils adaptés et fiables pour suivre la prolifération des cyanobactéries toxinogènes sur son territoire.