Le virus de l’hépatite E (HEV) est un petit virus quasi-enveloppé doté d’un génome composé d’un ARN simple brin de polarité positive codant pour 3 cadres de lecture ouverts (ORF). À l’instar des virus à ARN, des erreurs d’incorporation nucléotidiques sont commises lors de la réplication du HEV, ce qui génère une grande population de virus apparentés à chaque cycle. À ce jour, peu de données sont disponibles au regard de cette variabilité chez le HEV et en particulier sur la sélection potentielle de mutations, dans les réservoirs animaux, qui pourrait moduler la virulence chez l’homme. Au laboratoire, nous avons développé un système de culture du HEV en cellules hépatocytaires HepaRG. Après infection par le HEV, ces cellules produisent du virus dans le surnageant pendant plusieurs mois et des passages successifs du HEV peuvent être réalisés sur de nouvelles cultures. Après plusieurs passages, une augmentation des titres viraux a pu être observée. Afin de déterminer s’il existait un lien entre cette augmentation de la production virale et la diversité des populations, la variabilité génétique du HEV a été déterminée à différents passages. Des cellules HepaRG différenciées en hépatocytes ont été infectées par une souche de HEV génotype 3f (JN906974). Sept passages successifs ont été réalisés à différents temps post-infection. Des surnageants sélectionnés aux passages 2, 6 et 7 ont été soumis à un séquenc¸age haut débit (Ion Proton). Les séquences ont été nettoyées avec le Trimmomatic puis alignées sur le génome de référence avec BWA et les SNP (single nucleotide polymorphism) identifiés avec Varscan. Dans les 3 échantillons étudiés, 58 points de polymorphisme ont été sélectionnés le long des ORF1 et -2 du HEV. Aucun polymorphisme n’a été identifié dans les ORF3. Sur ces 58 sites, 45 ne sont présents qu’à un seul passage. Les 13 autres points de polymorphisme sont observés au passage 6 et maintenus au passage 7. Pour chaque ORF, les valeurs des paramètres Pi (p), dn/ds, ont été déterminées. Les valeurs de Pi sont similaires aux passages 6 et 7 mais supérieures à celles du passage 2. Les valeurs des dn/ds sont inférieures à 1. Au cours de l’infection des cellules HepaRG par le HEV, des sites de polymorphisme sont sélectionnés dans les ORF1 et 2. La diversité des populations augmente avec les passages, selon une sélection négative. Ces mutations pourraient conférer au HEV un avantage de multiplication dans les cellules HepaRG et moduler sa virulence.