S'il ne fait aucun doute que la biodiversité décline à l'échelle mondiale, il est surprenant de constater que les dynamiques locales peuvent être contrastées. Nous possédons une compréhension encore incomplète de la façon dont les écosystèmes évoluent sous l'effet du changement global. Ici, nous avons cherché à caractériser la dynamique temporelle récente de la biodiversité des rivières en France, d'un point de vue taxonomique et fonctionnel, concernant différents organismes clés (diatomées, macroinvertébrés et poissons), à partir d’un large panel de mesures de la biodiversité et sur une période multi-décennale. Les tendances temporelles de la richesse taxonomique et fonctionnelle, de l'indice de Shannon, de la beta-diversité et du nombre de gagnants/perdants ont apporté des informations particulièrement pertinentes. Les résultats convergent vers la mise en évidence d'un retour significatif des taxons sensibles à l'eutrophisation, signe d'amélioration de la qualité des cours d’eau au cours de cette période du point de vue de l’enrichissement trophique. D'autre part, la richesse en diatomées et, dans une moindre mesure, en poissons, a diminué au fil du temps, tandis que la richesse taxonomique des macroinvertébrés a augmenté. Enfin, l'étude a révélé des réarrangements cohérents au sein des communautés des cours d'eau, avec le passage d’une production primaire planctonique à une production primaire benthique, entraînant des modifications fonctionnelles des communautés de macroinvertébrés et de poissons