Analyse de l'hybridation dans les populations françaises de sangliers à l'aide de données de génotypage pangénomique - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Access content directly
Journal Articles Journées de la Recherche Porcine en France Year : 2021

Analysis of hybridization in French wild boar populations using genome-wide genotyping data

Analyse de l'hybridation dans les populations françaises de sangliers à l'aide de données de génotypage pangénomique

Nicolas Mary
Nathalie Iannuccelli
Geoffrey Petit
  • Function : Author
Nathalie Bonnet
  • Function : Author
  • PersonId : 1203126
Alain Pinton
Vladimir Grosbois
Bertrand Servin
Juliette Riquet
Alain Ducos

Abstract

The "genetic purity" of French wild boar populations has been monitored since the 1980s based on a cytogenetic difference between wild boars and domestic pigs (36 and 38 chromosomes, respectively). This difference makes it possible to identify any boar with 37 or 38 chromosomes as “hybrid”, without however being able to determine the origin (recent or ancient) of the hybridization, nor guarantee the "purity" of an animal with 36 chromosomes. Analysis of results of more than 4,600 tests performed over the last 12 years reveals an average "hybrid" rate of 15.8%, with high variability between populations. To analyse hybridization in greater detail and overcome inherent limitations of the cytogenetic approach, 362 wild boars recently collected in different regions of France were genotyped on a 70K SNP (GeneSeek GGP Porcine HD) chip. This study showed that for 96.4% of the wild boars analysed, including most of those with 37 or 38 chromosomes, the percentage of the genome of "domestic pig" origin varied from 0 to 18%. This suggests that hybridization is a fairly common phenomenon but of moderate intensity, and often ancient. Nevertheless, higher rates of hybridization have been observed in some regions such as Ardèche, and several cases of recent hybridization with domestic pigs were found in 3.6% of the wild boars analysed, most of them with pigs of Asian origin.
Un suivi de la « pureté génétique » des populations françaises de sangliers est réalisé depuis les années 1980 en se basant sur l'existence d'une différence cytogénétique entre sangliers et porcs domestiques (nombres de chromosomes respectivement égaux à 36 et 38). Cette différence permet d'attribuer un statut « d'hybride » à tout sanglier contrôlé à 37 ou 38 chromosomes, sans toutefois pouvoir déterminer l'origine (récente ou ancienne) de l'hybridation, ni garantir la « pureté » d'un animal à 36 chromosomes. L'analyse des résultats de plus de 4600 contrôles réalisés au cours des 12 dernières années révèle un taux moyen « d'hybrides » de 15,8%, avec une forte variabilité selon les populations. Pour analyser plus finement l'hybridation en s'affranchissant des limites inhérentes à l'approche cytogénétique, 362 sangliers récemment prélevés dans différentes régions françaises ont été génotypés sur puce SNP 70K (GeneSeek GGP Porcine HD). Ces travaux montrent que pour 96,4% des sangliers analysés, incluant la plupart des animaux à 37 et 38 chromosomes, la proportion du génome d'origine « porc domestique » est comprise entre 0 et 18%. Ceci suggère que l'hybridation est un phénomène assez commun mais d'intensité modérée, et souvent ancienne. Des taux d'hybridation plus élevés ont néanmoins été observés dans certaines régions comme l'Ardèche, et des cas d'hybridations récentes avec des porcs domestiques ont été mis en évidence chez 3,6% des sangliers analysés, la plupart avec des porcs de type asiatique.
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Dates and versions

hal-03482640 , version 1 (16-12-2021)

Identifiers

Cite

Nicolas Mary, Nathalie Iannuccelli, Geoffrey Petit, Nathalie Bonnet, Alain Pinton, et al.. Analyse de l'hybridation dans les populations françaises de sangliers à l'aide de données de génotypage pangénomique. Journées de la Recherche Porcine en France, 2021. ⟨hal-03482640⟩
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