Skip to Main content Skip to Navigation
Poster communications

Bioinformatique du transcriptome de Buchnera, symbiote intracellulaire des pucerons

Abstract : Buchnera est une bactérie symbiotique intracellulaire associée à la plupart des pucerons d'importance économique. Cette bactérie incultivable est obligatoire pour le puceron qui se nourrit exclusivement de sève phloémienne. Buchnera est caractérisée par la taille extrêmement réduite de son génome (400 à 600 kb) séquencé entièrement chez trois espèces. Une des particularités fonctionnelles tout à fait originale de cette bactérie est la conservation des voies de biosynthèse des acides aminés essentiels, alors que les gènes des voies de synthèse des acides aminés non essentiels (ceux que l'hôte est capable de synthétiser) sont perdus. Jusqu'à présent l'analyse expérimentale des réponses métaboliques et moléculaires ne pouvait s'effectuer que "voie par voie". Le développement de la technique des puces à ADN permet maintenant d'envisager une approche globale. Dans l'UMR BF2I, nous avons développé une puce à ADN dédiée à l'analyse du transcriptome de Buchnera APS (associée au puceron Acyrthosiphon pisum). Cette puce devrait nous permettre d’étudier les mécanismes de régulation de l’expression des gènes de cette bactérie symbiotique en condition de stress trophique de son hôte (pucerons élevés sur des milieux déprimés en acides aminés essentiels par exemple). Ce travail correspond à l'émergence d'une thématique de recherche en bioinformatique à l'INSA associée au développement de la plate-forme transcriptome de la Génopole Rhône-Alpes sur le campus de la Doua. Notre approche s'est voulue verticale, impliquant la création d'outils bioinformatiques lorsqu'ils faisaient défaut. Quatre points seront présentés ici :  Le développement d'un Système d'Information pour l'Analyse du Transcriptome (SI-Trans)  Le développement d'un logiciel de choix d'oligonucléotides (ROSO)  La validation d’un protocole expérimental grâce au développement d’une « minipuce » Buchnera  L’intégration des résultats d'expression dans une base de connaissance (Genome Expert Bacteria) pour la représentation des réseaux de régulation
Complete list of metadata

https://hal.inrae.fr/hal-03506503
Contributor : Hubert Charles Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Sunday, January 2, 2022 - 1:12:26 PM
Last modification on : Friday, September 30, 2022 - 11:34:15 AM

Identifiers

  • HAL Id : hal-03506503, version 1

Citation

Hubert Charles, Federica Calevro, Nancie Reymond, Frederique Laforest, Anne Tchounikine, et al.. Bioinformatique du transcriptome de Buchnera, symbiote intracellulaire des pucerons. Rencontres 2003 des Microbiologistes de l'INRA, May 2003, Dourdan, France. ⟨hal-03506503⟩

Share

Metrics

Record views

22