Les protéines sont des macromolécules biologiques présentes dans toutes les cellules vivantes. Elles assurent une multitude de fonctions au sein des cellules mais aussi des tissus [1]. Au laboratoire, il est possible de séparer les protéines des autres constituants cellulaire à l’aide de diverses techniques notamment l’électrophorèse et la chromatographie. En protéomique, le système LC-MS/MS* est capable de détecter et identifier des quantités infimes de peptides*. Cependant, cette identification peut être plus problématique dans certaines matrices biologiques, comme par exemple le plasma. En effet, la matrice plasmatique possède un grand nombre de protéines majoritaires comme l’albumine, la protéine la plus représentée parmi ces protéines surabondantes dans le plasma. Ainsi, des solutions de prépurification peuvent être utilisées pour essayer de simplifier la composition des échantillons et de réduire la présence de ces protéines majoritaires. Une méthode de fractionnement peptidique a été testée au cours de ce stage. Pour cela, une migration partielle et un traitement des bandes sont réalisés. Ensuite, les échantillons sont divisés en deux : une partie non fractionnée et une partie fractionnée. La partie fractionnée est passée sur colonne* grâce au kit de fractionnement des peptides à pH élevé en phase inverse Thermo Scientific™ Pierce™. Chaque échantillon est alors divisé en huit fractions qui sont analysés par le système LC-MS/MS. Pour la partie non fractionnée, les échantillons sont directement analysés par le système LC-MS/MS avec quatre répétitions techniques par échantillons afin de pouvoir les comparer aux échantillons fractionnés. Les résultats obtenus indiquent que le fractionnement permet d’identifier un nombre plus important de protéines et de peptides comparé à la méthode sans fractionnement. Au niveau de la découverte des protéines différentielles, les deux méthodes ont montré des différences. Néanmoins les études bio-informatiques replaçant les protéines d’intérêts dans la cellule et/ou au sein des réseaux restent cohérentes entre les méthodes. De plus, il est possible de faire un lien sur le plan clinique avec l’effet du traitement anti-inflammatoire sur les rats et nos résultats. Il est possible de dire qu’un design avec des échantillons poolés et un fractionnement permet d’obtenir des résultats pertinents en limitant le nombre de runs LC-MS/MS et l’effet de saturation des protéines majoritaires du plasma.