Les maladies d’origine alimentaire constituent un problème de santé publique à l’échelle mondiale. La sécurité alimentaire s’inscrit dans une approche intégrée dite de la fourche à la fourchette qui prend en considération chacun des maillons de la chaîne en intégrant des mesures d’évaluation et de maîtrise des dangers. Selon l’EFSA (European Food Safety Authority), chaque année, plus de 1000 cas humains d’infections parasitaires d'origine alimentaire sont signalées dans l'Union Européenne. Toxoplasma gondii est considéré comme l'un des parasites les plus préoccupants au monde en raison des multiples voies d'infection, de sa forte prévalence et de sa distribution mondiale. L’oocyste de T. gondii, forme environnementale du parasite, est connu pour être résistant et survivre pendant de très longues périodes dans les environnements telluriques et hydriques. Ces réservoirs peuvent représenter des sources de contamination lors de la production primaire des légumes, fruits et coquillages. Afin de réduire l’exposition de l’Homme, les industriels de l’agroalimentaire mettent en place des mesures de maîtrise qui visent à inactiver les pathogènes potentiellement présents dans les matières premières. Ces procédés peuvent être chimiques et/ou physiques et leur efficacité doit être évaluée pour chacun des dangers identifiés pour un aliment donné. Cependant, les études menées sur T. gondii sont entravées par des contraintes méthodologiques et financières. En effet, l’approvisionnement en oocystes infectieux en quantités importantes et la mesure du caractère infectieux s’avèrent compliqués, coûteux, requièrent une expertise spécifique et soulèvent des problèmes d’éthique et de risques biologiques. Par conséquent, identifier et caractériser des organismes qui pourraient être utilisés comme substituts aux oocystes de T. gondii constitue un enjeu essentiel pour l'industrie agroalimentaire. L’organisme modèle idéal serait non pathogène, produit aisément en grandes quantités et sa viabilité/infectiosité pourrait être plus facilement mesurée en laboratoire afin d’évaluer sa résistance aux traitements. Ce modèle doit mimer le comportement du pathogène cible et donc présenter des niveaux de résistance comparables ou supérieurs, ainsi que des cinétiques d’inactivation similaires. Dans la mesure du possible, le modèle doit présenter une structure et une taille équivalentes à la cible et avoir un mode de transmission similaire à celui du pathogène cible dans les matrices que l’on souhaite étudier. Il est très important de sélectionner et de valider soigneusement les substituts potentiels afin d’éviter unesurestimation de l’efficacité des technologies de décontamination et un biais dans l’évaluation de l’exposition. Dans cette étude, les oocystes du genre Eimeria ont été évalués comme modèles de T. gondii. Différents traitements physiques et chimiques ont été appliqués sur des oocystes d’Eimeria et de Toxoplasma et leur impact sur la structure a été évalué par cytométrie en flux et microscopie. Les paramètres suivants ont été étudiés : intégrité (taille/granulométrie) et perméabilité, mesurée par l’incorporation de différents marqueurs (lectines). Les premières données obtenues suggèrent qu’Eimeria acervulina serait un bon modèle d’étude de T. gondii pour certains traitements.