La métabolomique non ciblée ambitionne de fournir une vision du métabolome la plus complète possible regroupant des composés avec des propriétés physico-chimiques (e.g. poids moléculaire, log Kow) très variées. Si la spectrométrie de masse haute résolution (HRMS) propose de couvrir en théorie l’intégralité du spectre de composés, il convient de disposer de méthodologies de séparation chromatographique adéquates. Dans ce contexte, la chromatographie d’interaction hydrophile (HILIC) s’est beaucoup développée ces dernières années de par sa capacité à isoler/séparer efficacement les métabolites très polaires (e.g. glucides, acides aminés, acides organiques), mal déconvolués par une séparation en phase inverse -la méthode la plus répandue-. Dans ce contexte, cette étude vise à développer une méthode de séparation HILIC en métabolomique non-ciblée complémentaire de la séparation en phase inverse. Pour ce faire, un mélange de 32 métabolites couvrant différentes classes et polarités a été constitué afin de comparer 27 méthodes HILIC (i.e. combinaison de colonnes de tailles/technologies différentes et de gradient acide/neutre/basique et isocratique). Les 3 meilleures méthodes (BEH amide/HILIC acide, ZIC cHILIC basique) ont ensuite été appliquées à des matrices végétales dopées ou non (tomates et diatomées) afin d’évaluer l’effet matrice sur la séparation du mélange et entreprendre une caractérisation non-ciblée. Les résultats mettent en évidence une plus forte influence de la matrice sur la colonne BEH-amide. Ils montrent également une meilleure répartition des signaux le long du gradient lors du remplacement de l’eau par de l’éthanol avec une force éluante plus faible. La répétabilité et la reproductibilité des méthodes sont en cours d’analyse.