Subterranean species inventory in the molecular era
lnventai·re des especes souterraines dans l'ere moleculaire
Résumé
Depuis les premieres decouvertes dans les annees 1860 d'organismes souterrains en France, !'effort d'echantillonnage et d'identification
des especes souterraines est reste soutenu. Pourtant, l'inventaire des especes est encore largement incomplet. Depuis les annees 1990, la percee
des methodes moleculaires a revolutionne les concepts et les pratiques guidant l'inventaire des especes. lei, nous expliquons comment les
methodes moleculaires ont change la façon de delimiter, d'identifier et d'echantillonner les especes. Dans le cadre de la taxinomie integrative,
les especes sont desormais delimitees a la fois sur des bases morphologiques et moleculaires. Les methodes de delimitation moleculaire
fournissent souvent beaucoup plus de taxons avec des aires de distribution plus restreintes que la morphologie. L'inventaire moleculaire des
especes est simultanement passe de l'echantillonnage des specimens a celui de I' ADN environnemental (AD Ne) et de !'identification d'un seul
organisme (barcoding) a !'identification en masse de toute une communaute (metabarcoding). Toutefois, ii existe encore un certain nombre de
defis a relever pour que l'ADN environnemental et le metabarcoding soient appliques en routine a l'inventaire de la biodiversite souterraine.
Since the first discoveries in the 1860s of subterranean organisms in France, there has been a sustained effort in sampling and
identifying subterranean species. Yet, the species inventory is still largely incomplete. Since the nineties, breakthrough in molecular methods
has revolutionized concepts and practices guiding species inventory. Here, we provide a brief overview of how molecular methods have
changed ways of delimiting, identifying and sampling species. Within the framework of integrative taxonomy, species taxa are now routinely
delimited both on morphological and molecular grounds. Molecular delimitation methods often provide many more taxa with smaller range
size than morphology. Species molecular inventory has simultaneously shifted from the sampling of specimens to that of environmental
DNA (eDNA) and from the identification of a single organism (i.e. barcoding) to the simultaneous identification of a whole community (i.e.
metabarcoding). Yet, there are still a number of challenges to be addressed for eDNA and metabarcoding to be applied routinely to the
inventory of subterranean biodiversity
Domaines
Sciences de l'environnement
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)