Quelques résultats du programme VarGoats : « 1000 génomes caprins » - Archive ouverte HAL Access content directly
Conference Poster Year :

Quelques résultats du programme VarGoats : « 1000 génomes caprins »

(1) , (2) , (3) , (3) , (3) , (1) , (3)
1
2
3

Abstract

Le projet VarGoats (http://www.goatgenome.org/vargoats.html) est un projet de reséquençage de génomes caprins. Nos objectifs sont multiples : caractériser la diversité génétique internationale, mais aussi caractériser finement les races françaises et africaines, détecter des traces de sélection pour identifier les voies métaboliques impliquées dans l’expression des traits zootechniques sélectionnés et les mécanismes d’adaptation, identifier des mutations « perte de fonction » ayant un fort impact sur l’expression des phénotypes à l’aide de l’étude de variants de type SNP, CNV ou variants de structure. Nous présenterons : -la méthode de constitution des jeux de données, comprenant majoritairement des chèvres domestiques mais aussi quelques espèces sauvages du genre Capra. -les jeux de données à notre disposition (données brutes, séquences alignées permettant d’étudier les variants de structure, fichiers de variants -petites insertions/délétion et SNP-, fichiers de variants filtrés) -l’organisation du consortium mise en place pour leur étude. Après une phase préliminaire qui s’est concentrée sur les chèvres françaises (n=200), nous présenterons des premiers résultats des groupes de travail obtenus sur les jeux de 1159 et 1372 animaux représentant la diversité génétique mondiale. Il s’agit en particulier de résultats sur la différenciation génétique entre races, sur les variants de structure, la caractérisation des mutations « perte de fonction », et la reconstruction de l’histoire de la domestication des chèvres à l’aide de l’étude des séquences du chromosome Y.
Fichier principal
Vignette du fichier
Tosser-Klopp-v2.pdf (1.39 Mo) Télécharger le fichier
Origin : Files produced by the author(s)

Dates and versions

hal-03812438 , version 1 (12-10-2022)

Identifiers

  • HAL Id : hal-03812438 , version 1

Cite

L Denoyelle, M Amills, Philippe Bardou, Maxime Ben Braiek, Thomas Faraut, et al.. Quelques résultats du programme VarGoats : « 1000 génomes caprins ». Journées Scientifiques du Département de Génétique Animale, Sep 2022, Bordeaux, France. ⟨hal-03812438⟩
0 View
0 Download

Share

Gmail Facebook Twitter LinkedIn More