Mycobacterium tuberculosis, l’agent responsable de la tuberculose, est un pathogène mortel de phénotype rugueux infectant un tiers de la population mondiale. M. tuberculosis forme avec M. bovis, M. microti, M. pinnipedii, M. caprae et M. africanum le complexe d’espèce de M. tuberculosis (MTBC). Le MTBC serait issue d’un ancêtre commun vieux de 20000 à 35000 ans. Les études comparatives ont permis de bâtir un scénario évolutif qui unit les membres du MTBC et de révéler que qu’un variant, M. canettii, de phénotype lisse serait antérieur à ce complexe clonal. La découverte et l’isolement de d’autres variants lisses causant la tuberculose a permis, sur l’analyse comparative de séquences de gènes de ménage, de baptiser une espèce progénitrice du MTBC : Mycobacterium prototuberculosis. Par ailleurs, Guttierez, et al a mis en évidence des phénomènes de recombinaisons au sein de ces souches lisses. Sur une population de 56 souches lisses dont 37 souches de M. cannettii et 10 membres du MTBC, le séquençage de 16 gènes de ménage a été réalisée. Une analyse des séquences en multi locus a montré l’homogénéité la diversité génétique de M. rototuberculosis comparé aux autres espèces bactériennes. Les relations phylogénétiques basées sur ces nouvelles séquences ont confirmés les phénomènes de recombinaison au sein des souches lisses. Dés lors, pour établir des relations de parenté entre les souches en remédiant à la distorsion causée par la recombinaison, un typage multi locus des séquences (MLST) a été réalisé sur l’ensemble de la population. En basant les phylogénies sur les profils allèliques, l’impact relatif de la recombinaison et de la mutation a été évalué chezM. prototuberculosis. Par ces deux approches indépendantes (séquences nucléotidiques et profils allèliques) nous avons montré que M. prototuberculosis englobe le MTBC et ces souches lisses au sein d’un groupe homogène et forme l’espèce progénitrice de M. tuberculosis.