Combiner analyse d’association et génomique fonctionnelle pour la recherche de gènes candidats - Archive ouverte HAL Access content directly
Conference Poster Year :

Combiner analyse d’association et génomique fonctionnelle pour la recherche de gènes candidats

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Abstract

Des odeurs désagréables, qualifiées d’odeur de verrat, peuvent se manifester lors de la cuisson de la viande de porc mâle entier. C’est en partie ce phénomène qui motive la pratique de la castration à vif des porcelets mâles. Dans le but d’améliorer le bien-être des animaux d’élevage, la réglementation française interdit, depuis le 1er janvier 2022, cette pratique. C’est l’accumulation dans les tissus adipeux de composés tels que l’androsténone, stéroïde produit dans le testicule, qui est responsable de cette odeur désagréable. L’une des pistes pour faciliter la transition vers l’élevage de porcs non castrés est la sélection génétique d’animaux à faible teneur en androsténone. Cette stratégie est réaliste compte tenu de l’héritabilité élevée de ce caractère. Pour préciser le déterminisme génétique de l’odeur de verrat, deux régions QTL associées à ce caractère ont été retenues pour identifier des gènes candidats fonctionnels. Deux méthodologies de GWAS ont été utilisées. Le QTL du SSC2 a été localisé par les deux méthodes contrairement à celui du SSC6. Les GWAS ont permis de définir une première région de 4 Mb sur le SSC2 et une région de 5 Mb sur le SSC6, très riche en gènes. Afin de mieux caractériser ces régions, des analyses transcriptomiques par RNAseq ont été réalisées sur deux ensembles de 20 verrats, sélectionnés sur la base de leurs haplotypes à ces deux QTL. Pour chaque région QTL, 2 haplotypes ont été conservés, les animaux sélectionnés représentant les trois génotypes pour ces 2 haplotypes (homozygotes ou hétérozygotes). Pour la région située sur le chromosome 6, plusieurs gènes présentent une différence d’expression significative avec un niveau d’expression corrélé au génotype, extrêmes pour les homozygotes et intermédiaire pour l’hétérozygote. Nous présenterons ces résultats et discuterons d’éventuels biais méthodologiques de cette démarche de génomique fonctionnelle.

Keywords

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Origin : Files produced by the author(s)

Dates and versions

hal-03936070 , version 1 (12-01-2023)

Identifiers

  • HAL Id : hal-03936070 , version 1

Cite

Sarah Djebali, Sophie Leroux, Katia Feve, Yann Labrune, Catherine Larzul, et al.. Combiner analyse d’association et génomique fonctionnelle pour la recherche de gènes candidats. Journées scientifiques Département Génétique animale, Sep 2022, Bordeaux, France. ⟨hal-03936070⟩
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