A strategy for successful integration of DNA-based methods in aquatic monitoring
Philippe Blancher
,
Estelle Lefrançois
,
Frédéric Rimet
(1)
,
Valentin Vasselon
(2)
,
Christine Argillier
(1)
,
Jens Arle
,
Pedro Beja
,
Pieter Boets
,
Christian Chauvin
(3)
,
Michael Deacon
,
Christian Chauvin
(1)
,
Willie Duncan
,
Gunilla Ejdung
,
Stefania Erba
,
Benoit Ferrari
(4)
,
Helmut Fischer
,
Bernd Hänfling
,
Michael Haldin
,
Daniel Hering
(5)
,
Nicolas Hette-Tronquart
,
Alice Hiley
,
Marko Järvinen
,
Benjamin Jeannot
,
Serdar Koyuncuoğlu
,
Maria Kahlert
(6)
,
Sidsel Langhein-Winther
,
Martyn Kelly
,
Julia Kleinteich
,
Sascha Krenek
,
Florian Leese
(5)
,
David Mann
,
Rémy Marcel
(7)
,
Stefania Marcheggiani
,
Kristian Meissner
(8)
,
Patricia Mergen
,
Olivier Monnier
,
Frank Narendja
,
Diane Neu
,
Veronica Onofre Pinto
,
Alina Pawlowska
,
Jan Pawlowski
(9)
,
Jonas Svensson
,
Martin Petersen
,
Sandra Poikane
,
Marlen Ines Vasquez
,
Didier Pont
,
Marie-Sophie Renevier
,
Steinar Sandoy
,
Rosa Trobajo
(10)
,
Andrea Tünde Zagyva
,
Iakovos Tziortzis
,
Berry van der Hoorn
,
Kerry Walsh
,
Alexander Weigand
,
Agnès Bouchez
(1)
1
INRAE -
Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement
2 SCIMABIO Interface SAS
3 UR EABX - Ecosystèmes aquatiques et changements globaux
4 Centre Ecotox Oekotoxzentrum
5 Universität Duisburg-Essen = University of Duisburg-Essen [Essen]
6 SLU - Swedish University of Agricultural Sciences = Sveriges lantbruksuniversitet
7 Aquabio
8 SYKE - Finnish Environment Institute
9 UNIGE - Université de Genève = University of Geneva
10 IRTA - Institute of Agrifood Research and Technology [Sant Carles de la Ràpita]
2 SCIMABIO Interface SAS
3 UR EABX - Ecosystèmes aquatiques et changements globaux
4 Centre Ecotox Oekotoxzentrum
5 Universität Duisburg-Essen = University of Duisburg-Essen [Essen]
6 SLU - Swedish University of Agricultural Sciences = Sveriges lantbruksuniversitet
7 Aquabio
8 SYKE - Finnish Environment Institute
9 UNIGE - Université de Genève = University of Geneva
10 IRTA - Institute of Agrifood Research and Technology [Sant Carles de la Ràpita]
Philippe Blancher
- Fonction : Auteur
Frédéric Rimet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1147506
- ORCID : 0000-0002-5514-869X
Valentin Vasselon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 20047
- IdHAL : valentin-vasselon
- ORCID : 0000-0001-5038-7918
- IdRef : 253127432
Jens Arle
- Fonction : Auteur
Pedro Beja
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1224435
- ORCID : 0000-0001-8164-0760
Pieter Boets
- Fonction : Auteur
Christian Chauvin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1207079
- IdHAL : christian-chauvin
- ORCID : 0000-0002-3904-8226
Michael Deacon
- Fonction : Auteur
Willie Duncan
- Fonction : Auteur
Gunilla Ejdung
- Fonction : Auteur
Stefania Erba
- Fonction : Auteur
Helmut Fischer
- Fonction : Auteur
Bernd Hänfling
- Fonction : Auteur
Michael Haldin
- Fonction : Auteur
Nicolas Hette-Tronquart
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1286218
- IdHAL : nicolas-hette-tronquart
- ORCID : 0000-0002-8452-5175
Alice Hiley
- Fonction : Auteur
Marko Järvinen
- Fonction : Auteur
Benjamin Jeannot
- Fonction : Auteur
Serdar Koyuncuoğlu
- Fonction : Auteur
Maria Kahlert
- Fonction : Auteur
- PersonId : 780207
- ORCID : 0000-0001-9643-4281
Sidsel Langhein-Winther
- Fonction : Auteur
Martyn Kelly
- Fonction : Auteur
Julia Kleinteich
- Fonction : Auteur
Sascha Krenek
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1194311
- ORCID : 0000-0002-5062-4140
Florian Leese
- Fonction : Auteur
- PersonId : 769328
- ORCID : 0000-0002-5465-913X
David Mann
- Fonction : Auteur
Stefania Marcheggiani
- Fonction : Auteur
Kristian Meissner
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1224436
- ORCID : 0000-0001-6316-8554
Patricia Mergen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1224437
- ORCID : 0000-0003-2848-8231
Olivier Monnier
- Fonction : Auteur
Frank Narendja
- Fonction : Auteur
Diane Neu
- Fonction : Auteur
Veronica Onofre Pinto
- Fonction : Auteur
Alina Pawlowska
- Fonction : Auteur
Jan Pawlowski
- Fonction : Auteur
- PersonId : 764498
- ORCID : 0000-0003-2421-388X
Jonas Svensson
- Fonction : Auteur
Martin Petersen
- Fonction : Auteur
Sandra Poikane
- Fonction : Auteur
Marlen Ines Vasquez
- Fonction : Auteur
- PersonId : 808308
- ORCID : 0000-0002-9849-5616
Didier Pont
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1093083
Marie-Sophie Renevier
- Fonction : Auteur
Steinar Sandoy
- Fonction : Auteur
Rosa Trobajo
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1224430
- ORCID : 0000-0001-9498-3797
Andrea Tünde Zagyva
- Fonction : Auteur
Iakovos Tziortzis
- Fonction : Auteur
- PersonId : 775318
- ORCID : 0000-0002-9315-7773
Berry van der Hoorn
- Fonction : Auteur
Kerry Walsh
- Fonction : Auteur
Alexander Weigand
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1147509
- ORCID : 0000-0001-7587-6531
Agnès Bouchez
- Fonction : Auteur
- PersonId : 737113
- IdHAL : agnes-bouchez
- ORCID : 0000-0001-8802-6966
- IdRef : 034094660
Résumé
Recent advances in molecular biomonitoring open new horizons for aquatic ecosystem assessment. Rapid and cost-effective methods based on organismal DNA or environmental DNA (eDNA) now offer the opportunity to produce inventories of indicator taxa that can subsequently be used to assess biodiversity and ecological quality. However, the integration of these new DNA-based methods into current monitoring practices is not straightforward, and will require coordinated actions in the coming years at national and international levels. To plan and stimulate such an integration, the European network DNAqua-Net (COST Action CA15219) brought together international experts from academia, as well as key environmental biomonitoring stakeholders from different European countries. Together, this transdisciplinary consortium developed a roadmap for implementing DNA-based methods with a focus on inland waters assessed by the EU Water Framework Directive (2000/60/EC). This was done through a series of online workshops held in April 2020, which included fifty participants, followed by extensive synthesis work. The roadmap is organised around six objectives: 1) to highlight the effectiveness and benefits of DNA-based methods, 2) develop an adaptive approach for the implementation of new methods, 3) provide guidelines and standards for best practice, 4) engage stakeholders and ensure effective knowledge transfer, 5) support the environmental biomonitoring sector to achieve the required changes, 6) steer the process and harmonise efforts at the European level. This paper provides an overview of the forum discussions and the common European views that have emerged from them, while reflecting the diversity of situations in different countries. It highlights important actions required for a successful implementation of DNA-based biomonitoring of aquatic ecosystems by 2030.