A strategy for successful integration of DNA-based methods in aquatic monitoring - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Metabarcoding and Metagenomics Année : 2022

A strategy for successful integration of DNA-based methods in aquatic monitoring

Philippe Blancher
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Estelle Lefrançois
Valentin Vasselon
Jens Arle
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Pedro Beja
Pieter Boets
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Michael Deacon
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Willie Duncan
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Gunilla Ejdung
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Stefania Erba
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Helmut Fischer
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Bernd Hänfling
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Michael Haldin
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Nicolas Hette-Tronquart
Alice Hiley
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Marko Järvinen
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Benjamin Jeannot
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Serdar Koyuncuoğlu
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Sidsel Langhein-Winther
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Martyn Kelly
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Julia Kleinteich
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Sascha Krenek
David Mann
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Rémy Marcel
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Stefania Marcheggiani
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Kristian Meissner
Patricia Mergen
Olivier Monnier
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Frank Narendja
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Diane Neu
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Veronica Onofre Pinto
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Alina Pawlowska
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Jonas Svensson
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Martin Petersen
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Sandra Poikane
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Marlen Ines Vasquez
Didier Pont
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Marie-Sophie Renevier
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Steinar Sandoy
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Andrea Tünde Zagyva
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Iakovos Tziortzis
Berry van der Hoorn
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Kerry Walsh
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Alexander Weigand

Résumé

Recent advances in molecular biomonitoring open new horizons for aquatic ecosystem assessment. Rapid and cost-effective methods based on organismal DNA or environmental DNA (eDNA) now offer the opportunity to produce inventories of indicator taxa that can subsequently be used to assess biodiversity and ecological quality. However, the integration of these new DNA-based methods into current monitoring practices is not straightforward, and will require coordinated actions in the coming years at national and international levels. To plan and stimulate such an integration, the European network DNAqua-Net (COST Action CA15219) brought together international experts from academia, as well as key environmental biomonitoring stakeholders from different European countries. Together, this transdisciplinary consortium developed a roadmap for implementing DNA-based methods with a focus on inland waters assessed by the EU Water Framework Directive (2000/60/EC). This was done through a series of online workshops held in April 2020, which included fifty participants, followed by extensive synthesis work. The roadmap is organised around six objectives: 1) to highlight the effectiveness and benefits of DNA-based methods, 2) develop an adaptive approach for the implementation of new methods, 3) provide guidelines and standards for best practice, 4) engage stakeholders and ensure effective knowledge transfer, 5) support the environmental biomonitoring sector to achieve the required changes, 6) steer the process and harmonise efforts at the European level. This paper provides an overview of the forum discussions and the common European views that have emerged from them, while reflecting the diversity of situations in different countries. It highlights important actions required for a successful implementation of DNA-based biomonitoring of aquatic ecosystems by 2030.

Dates et versions

hal-03976834 , version 1 (07-02-2023)

Identifiants

Citer

Philippe Blancher, Estelle Lefrançois, Frédéric Rimet, Valentin Vasselon, Christine Argillier, et al.. A strategy for successful integration of DNA-based methods in aquatic monitoring. Metabarcoding and Metagenomics, 2022, 6 (e85652), ⟨10.3897/mbmg.6.85652⟩. ⟨hal-03976834⟩
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