Dans un contexte de professionnalisation de la formation doctorale, l’encadrement doctoral renvoie à un décloisonnement du binôme doctorant - directeur de thèse. Mais si l’encadrement collégial est devenu une norme à l’international, et une pratique courante en France, la littérature reste centrée sur les relations duales entre doctorant et directeur de thèse. L’objectif de cet article est de décrire la diversité des configurations organisationnelles des équipes d’encadrement doctoral. A partir d’un dispositif de formation à INRAE, nous avons constitué une base de données sur 76 thèses, avec les caractéristiques structurelles de la thèse et de son encadrement, mais aussi les difficultés exprimées par les doctorants et encadrants. L’analyse de ces données nous permet de dégager quatre types d’équipes d’encadrement doctoral, au-delà des rares binômes entre un doctorant et son directeur de thèse. Les formes organisationnelles ainsi identifiées, parfois classiques (binômes d’encadrants HdR / non HdR), d’autres plus complexes constituant des équipes pluridisciplinaires et/ou pluri-institutions autour du doctorant, voire élargies à des acteurs du monde socio-économique, sont décrites et confrontées aux difficultés rencontrées par les protagonistes de ces thèses. L’analyse transversale de ces résultats nous permet de dégager à la fois des pistes en termes de formation des doctorants et encadrants, des points de vigilance pour les institutions qui financent et hébergent ces thèses, mais aussi des perspectives de recherche dans le champ de l’accompagnement doctoral.