Measuring DNA modifications with the comet assay: a compendium of protocols - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Nature Protocols Année : 2023

Measuring DNA modifications with the comet assay: a compendium of protocols

Andrew Collins (1) , Peter Møller (2) , Goran Gajski (3) , Soňa Vodenková (4, 5) , Abdulhadi Abdulwahed (6) , Diana Anderson (7) , Ezgi Eyluel Bankoglu (8) , Stefano Bonassi (9, 10) , Elisa Boutet-Robinet (11) , Gunnar Brunborg (12, 13) , Christy Chao (14) , Marcus Cooke (15) , Carla Costa (16, 17) , Solange Costa (16, 17) , Alok Dhawan (18) , Joaquin de Lapuente (19) , Cristian Del Bo’ (20) , Julien Dubus (21, 22) , Maria Dusinska (23, 24) , Susan Duthie (25) , Naouale El Yamani (24) , Bevin Engelward (26) , Isabel Gaivão (27) , Lisa Giovannelli (28) , Roger Godschalk (29) , Sofia Guilherme (30) , Kristine Gutzkow (31, 12) , Khaled Habas (32, 7) , Alba Hernández (33, 34) , Oscar Herrero (35) , Marina Isidori (36) , Awadhesh Jha (37, 38) , Siegfried Knasmüller (39) , Ingeborg Kooter (40) , Gudrun Koppen (41) , Marcin Kruszewski (42, 43) , Carina Ladeira (44) , Blanca Laffon , Marcelo Larramendy , Ludovic Le Hégarat (45) , Angélique Lewies , Anna Lewinska , Guillermo Liwszyc , Adela López de Cerain , Mugimane Manjanatha , Ricard Marcos , Mirta Milić , Vanessa Moraes de Andrade , Massimo Moretti , Damian Muruzabal , Matjaž Novak , Rui Oliveira , Ann-Karin Olsen , Norah Owiti , Mário Pacheco , Alok Pandey , Stefan Pfuhler , Bertrand Pourrut , Kerstin Reisinger , Emilio Rojas , Elise Rundén-Pran , Julen Sanz-Serrano , Sergey Shaposhnikov , Ville Sipinen , Karen Smeets , Helga Stopper , João Paulo Teixeira , Vanessa Valdiglesias , Mahara Valverde , Frederique van Acker , Frederik-Jan van Schooten , Marie Vasquez , Johannes Wentzel , Maciej Wnuk , Annelies Wouters , Bojana Žegura , Tomas Zikmund , Sabine Langie , Amaya Azqueta
1 UiO - University of Oslo
2 UCPH - University of Copenhagen = Københavns Universitet
3 Institute for Medical Research and Occupational Health
4 Institute of Experimental Medicine of the Academy of Sciences of the Czech Republic
5 UK - Univerzita Karlova [Praha, Česká republika] = Charles University [Prague, Czech Republic]
6 FIU - Florida International University [Miami]
7 University of Bradford
8 JMU - Julius-Maximilians-Universität Würzburg
9 IRCCS San Raffaele Pisana - Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico
10 UniSR - Universita Vita Salute San Raffaele = Vita-Salute San Raffaele University [Milan, Italie]
11 ToxAlim - ToxAlim
12 Centre for Environmental Radioactivity (CERAD CoE)
13 Norvegian Institut of Public Health
14 MIT - Massachusetts Institute of Technology
15 USF - University of South Florida [Tampa]
16 INSA - Instituto Nacional de Saùde Dr Ricardo Jorge [Portugal]
17 Universidade do Porto = University of Porto
18 Centre for Biomedical Research, University of Hull,
19 AC Marca
20 UNIMI - Università degli Studi di Milano = University of Milan
21 BIAM - Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (ex-IBEB)
22 SECR - Service d'Etudes du Comportement des Radionucléides
23 SCCS - Scientific Committee for Consumer Safety (SCCS)
24 NILU - Norwegian Institute for Air Research
25 University of Aberdeen
26 BE - Department of Biological Engineering [Cambridge]
27 UTAD - Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro
28 NEUROFARBA Department [Firenze, Italy]
29 NUTRIM - School of Nutrition and Translational Research in Metabolism [Maastricht]
30 CESAM - Centre for Environmental and Marine Studies [Aveiro]
31 NIPH - Norwegian Institute of Public Health [Oslo]
32 School of Chemistry and Biosciences
33 Department of Genetics, Microbiology and Statistics, and IRBio, University of Barcelona, Barcelona, Spain
34 University of Barcelona
35 UNED - Universidad Nacional de Educación a Distancia
36 Università degli studi della Campania "Luigi Vanvitelli" = University of the Study of Campania Luigi Vanvitelli
37 SBMS - School of Biological and Marine Science
38 Plymouth University
39 Medizinische Universität Wien = Medical University of Vienna
40 TNO - The Netherlands Organisation for Applied Scientific Research
41 VITO - Flemish Institute for Technological Research
42 INCT - Institute of Nuclear Chemistry and Technology
43 Institute of Rural Health
44 Escola Superior de Tecnologia da Saude de Lisboa
45 Laboratoire de Fougères - ANSES
Andrew Collins
  • Fonction : Auteur
University of Oslo
Peter Møller
University of Copenhagen = Københavns Universitet
Goran Gajski
Institute for Medical Research and Occupational Health
Soňa Vodenková
  • Fonction : Auteur
Institute of Experimental Medicine of the Academy of Sciences of the Czech Republic
Univerzita Karlova [Praha, Česká republika] = Charles University [Prague, Czech Republic]
Abdulhadi Abdulwahed
  • Fonction : Auteur
Florida International University [Miami]
Diana Anderson
  • Fonction : Auteur
University of Bradford
Ezgi Eyluel Bankoglu
  • Fonction : Auteur
Julius-Maximilians-Universität Würzburg
Stefano Bonassi
  • Fonction : Auteur
Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico
Universita Vita Salute San Raffaele = Vita-Salute San Raffaele University [Milan, Italie]
Elisa Boutet-Robinet
ToxAlim
CV
Gunnar Brunborg
  • Fonction : Auteur
Centre for Environmental Radioactivity (CERAD CoE)
Norvegian Institut of Public Health
Christy Chao
  • Fonction : Auteur
Massachusetts Institute of Technology
Marcus Cooke
University of South Florida [Tampa]
Carla Costa
  • Fonction : Auteur
Instituto Nacional de Saùde Dr Ricardo Jorge [Portugal]
Universidade do Porto = University of Porto
Solange Costa
  • Fonction : Auteur
Instituto Nacional de Saùde Dr Ricardo Jorge [Portugal]
Universidade do Porto = University of Porto
Alok Dhawan
  • Fonction : Auteur
Centre for Biomedical Research, University of Hull,
Joaquin de Lapuente
AC Marca
Cristian Del Bo’
  • Fonction : Auteur
Università degli Studi di Milano = University of Milan
Julien Dubus
  • Fonction : Auteur
Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (ex-IBEB)
Service d'Etudes du Comportement des Radionucléides
Maria Dusinska
  • Fonction : Auteur
Scientific Committee for Consumer Safety (SCCS)
Norwegian Institute for Air Research
Susan Duthie
University of Aberdeen
Naouale El Yamani
  • Fonction : Auteur
Norwegian Institute for Air Research
Bevin Engelward
  • Fonction : Auteur
Department of Biological Engineering [Cambridge]
Isabel Gaivão
  • Fonction : Auteur
Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro
Lisa Giovannelli
  • Fonction : Auteur
NEUROFARBA Department [Firenze, Italy]
Roger Godschalk
  • Fonction : Auteur
School of Nutrition and Translational Research in Metabolism [Maastricht]
Sofia Guilherme
  • Fonction : Auteur
Centre for Environmental and Marine Studies [Aveiro]
Kristine Gutzkow
  • Fonction : Auteur
Norwegian Institute of Public Health [Oslo]
Centre for Environmental Radioactivity (CERAD CoE)
Khaled Habas
  • Fonction : Auteur
School of Chemistry and Biosciences
University of Bradford
Alba Hernández
  • Fonction : Auteur
Department of Genetics, Microbiology and Statistics, and IRBio, University of Barcelona, Barcelona, Spain
University of Barcelona
Oscar Herrero
Universidad Nacional de Educación a Distancia
Marina Isidori
Università degli studi della Campania "Luigi Vanvitelli" = University of the Study of Campania Luigi Vanvitelli
Awadhesh Jha
School of Biological and Marine Science
Plymouth University
Siegfried Knasmüller
  • Fonction : Auteur
Medizinische Universität Wien = Medical University of Vienna
Ingeborg Kooter
  • Fonction : Auteur
The Netherlands Organisation for Applied Scientific Research
Gudrun Koppen
Flemish Institute for Technological Research
Marcin Kruszewski
Institute of Nuclear Chemistry and Technology
Institute of Rural Health
Carina Ladeira
  • Fonction : Auteur
Escola Superior de Tecnologia da Saude de Lisboa
Blanca Laffon
Marcelo Larramendy
  • Fonction : Auteur
Ludovic Le Hégarat
Laboratoire de Fougères - ANSES
Angélique Lewies
Anna Lewinska
  • Fonction : Auteur
Guillermo Liwszyc
  • Fonction : Auteur
Adela López de Cerain
  • Fonction : Auteur
Mugimane Manjanatha
  • Fonction : Auteur
Ricard Marcos
Mirta Milić
Vanessa Moraes de Andrade
Massimo Moretti
Damian Muruzabal
  • Fonction : Auteur
Matjaž Novak
  • Fonction : Auteur
Rui Oliveira
Ann-Karin Olsen
Norah Owiti
  • Fonction : Auteur
Mário Pacheco
  • Fonction : Auteur
Alok Pandey
  • Fonction : Auteur
Stefan Pfuhler
  • Fonction : Auteur
Bertrand Pourrut
  • Fonction : Auteur
Kerstin Reisinger
  • Fonction : Auteur
Emilio Rojas
  • Fonction : Auteur
Elise Rundén-Pran
  • Fonction : Auteur
Julen Sanz-Serrano
Sergey Shaposhnikov
  • Fonction : Auteur
Ville Sipinen
  • Fonction : Auteur
Karen Smeets
  • Fonction : Auteur
Helga Stopper
João Paulo Teixeira
Vanessa Valdiglesias
Mahara Valverde
Frederique van Acker
  • Fonction : Auteur
Frederik-Jan van Schooten
  • Fonction : Auteur
Marie Vasquez
  • Fonction : Auteur
Johannes Wentzel
Maciej Wnuk
Annelies Wouters
  • Fonction : Auteur
Bojana Žegura
Tomas Zikmund
Sabine Langie
  • Fonction : Auteur
Amaya Azqueta
  • Fonction : Auteur correspondant
  • PersonId : 987383

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Résumé

The comet assay is a versatile method to detect nuclear DNA damage in individual eukaryotic cells, from yeast to human. The types of damage detected encompass DNA strand breaks and alkali-labile sites (e.g., apurinic/apyrimidinic sites), alkylated and oxidized nucleobases, DNA-DNA crosslinks, UV-induced cyclobutane pyrimidine dimers and some chemically induced DNA adducts. Depending on the specimen type, there are important modifications to the comet assay protocol to avoid the formation of additional DNA damage during the processing of samples and to ensure sufficient sensitivity to detect differences in damage levels between sample groups. Various applications of the comet assay have been validated by research groups in academia, industry and regulatory agencies, and its strengths are highlighted by the adoption of the comet assay as an in vivo test for genotoxicity in animal organs by the Organisation for Economic Co-operation and Development. The present document includes a series of consensus protocols that describe the application of the comet assay to a wide variety of cell types, species and types of DNA damage, thereby demonstrating its versatility.

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https://hal.inrae.fr/hal-03997215

Soumis le : jeudi 28 septembre 2023-14:10:24

Dernière modification le : vendredi 19 avril 2024-15:46:03

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Dates et versions

hal-03997215 , version 1 (28-09-2023)

Identifiants

Citer

Andrew Collins, Peter Møller, Goran Gajski, Soňa Vodenková, Abdulhadi Abdulwahed, et al.. Measuring DNA modifications with the comet assay: a compendium of protocols. Nature Protocols, 2023, ⟨10.1038/s41596-022-00754-y⟩. ⟨hal-03997215⟩

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