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Article Dans Une Revue Nucleic Acids Research Année : 2022

The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2022 update

Enis Afgan , Anton Nekrutenko , Bjórn Grüning , Daniel Blankenberg , Jeremy Goecks , Michael Schatz , Alexander Ostrovsky , Alexandru Mahmoud , Andrew Lonie , Anna Syme , Anne Fouilloux , Anthony Bretaudeau (1) , Anton Nekrutenko , Anup Kumar , Arthur Eschenlauer , Assunta Desanto , Aysam Guerler , Beatriz Serrano-Solano , Bérénice Batut , Björn Grüning , Bradley Langhorst , Bridget Carr , Bryan Raubenolt , Cameron Hyde , Catherine Bromhead , Christopher Barnett , Coline Royaux , Cristóbal Gallardo , Daniel Blankenberg , Daniel Fornika , Dannon Baker , Dave Bouvier , Dave Clements , David de Lima Morais , David Lopez Tabernero , Delphine Lariviere , Engy Nasr , Enis Afgan , Federico Zambelli , Florian Heyl , Fotis Psomopoulos , Frederik Coppens , Gareth Price , Gianmauro Cuccuru , Gildas Le Corguillé , Greg von Kuster , Gulsum Gudukbay Akbulut , Helena Rasche , Hans-Rudolf Hotz , Ignacio Eguinoa , Igor Makunin , Isuru Ranawaka , James Taylor , Jayadev Joshi , Jennifer Hillman-Jackson , Jeremy Goecks , John Chilton , Kaivan Kamali , Keith Suderman , Krzysztof Poterlowicz , Yvan Le Bras , Lucille Lopez-Delisle , Luke Sargent , Madeline Bassetti , Marco Antonio Tangaro , Marius van den Beek , Martin Čech , Matthias Bernt , Matthias Fahrner , Mehmet Tekman , Melanie Föll , Mélanie Pétéra (2) , Michael Schatz , Michael Crusoe , Miguel Roncoroni , Natalie Kucher , Nate Coraor , Nicholas Stoler , Nick Rhodes , Nicola Soranzo , Niko Pinter , Nuwan Goonasekera , Pablo Moreno , Pavankumar Videm , Pietro Mandreoli , Pratik Jagtap , Qiang Gu , Ralf Weber , Ross Lazarus , Ruben Vorderman , Saskia Hiltemann , Sergey Golitsynskiy , Shilpa Garg , Simon Bray , Simon Gladman , Simone Leo , Subina Mehta , Timothy Griffin , Vahid Jalili , Vandenbrouck Yves , Victor Wen , Vijay Nagampalli , Wendi Bacon , Willem de Koning , Wolfgang Maier , Peter Briggs
Enis Afgan
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Anton Nekrutenko
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Bjórn Grüning
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Daniel Blankenberg
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Jeremy Goecks
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Michael Schatz
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Alexander Ostrovsky
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Alexandru Mahmoud
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Andrew Lonie
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Anna Syme
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Anne Fouilloux
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Anton Nekrutenko
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Anup Kumar
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Arthur Eschenlauer
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Assunta Desanto
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Aysam Guerler
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Beatriz Serrano-Solano
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Bérénice Batut
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Björn Grüning
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Bradley Langhorst
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Bridget Carr
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Bryan Raubenolt
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Cameron Hyde
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Catherine Bromhead
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Christopher Barnett
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Coline Royaux
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Cristóbal Gallardo
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Daniel Blankenberg
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Daniel Fornika
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Dannon Baker
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Dave Bouvier
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Dave Clements
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David de Lima Morais
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David Lopez Tabernero
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Delphine Lariviere
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Engy Nasr
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Enis Afgan
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Federico Zambelli
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Florian Heyl
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Fotis Psomopoulos
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Frederik Coppens
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Gareth Price
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Gianmauro Cuccuru
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Gildas Le Corguillé
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Greg von Kuster
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Gulsum Gudukbay Akbulut
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Hans-Rudolf Hotz
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Ignacio Eguinoa
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Igor Makunin
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Isuru Ranawaka
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James Taylor
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Jayadev Joshi
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Jennifer Hillman-Jackson
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Jeremy Goecks
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John Chilton
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Kaivan Kamali
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Keith Suderman
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Krzysztof Poterlowicz
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Yvan Le Bras
Lucille Lopez-Delisle
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Luke Sargent
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Madeline Bassetti
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Marco Antonio Tangaro
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Marius van den Beek
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Martin Čech
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Matthias Bernt
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Matthias Fahrner
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Mehmet Tekman
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Melanie Föll
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Mélanie Pétéra
Michael Schatz
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Michael Crusoe
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Miguel Roncoroni
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Natalie Kucher
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Nate Coraor
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Nicholas Stoler
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Nick Rhodes
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Nicola Soranzo
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Niko Pinter
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Nuwan Goonasekera
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Pablo Moreno
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Pavankumar Videm
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Pietro Mandreoli
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Pratik Jagtap
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Qiang Gu
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Ralf Weber
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Ross Lazarus
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Ruben Vorderman
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Saskia Hiltemann
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Sergey Golitsynskiy
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Shilpa Garg
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Simon Bray
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Simon Gladman
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Simone Leo
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Subina Mehta
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Timothy Griffin
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Vahid Jalili
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Vandenbrouck Yves
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Victor Wen
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Vijay Nagampalli
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Wendi Bacon
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Willem de Koning
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Wolfgang Maier
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Peter Briggs
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Résumé

Abstract Galaxy is a mature, browser accessible workbench for scientific computing. It enables scientists to share, analyze and visualize their own data, with minimal technical impediments. A thriving global community continues to use, maintain and contribute to the project, with support from multiple national infrastructure providers that enable freely accessible analysis and training services. The Galaxy Training Network supports free, self-directed, virtual training with >230 integrated tutorials. Project engagement metrics have continued to grow over the last 2 years, including source code contributions, publications, software packages wrapped as tools, registered users and their daily analysis jobs, and new independent specialized servers. Key Galaxy technical developments include an improved user interface for launching large-scale analyses with many files, interactive tools for exploratory data analysis, and a complete suite of machine learning tools. Important scientific developments enabled by Galaxy include Vertebrate Genome Project (VGP) assembly workflows and global SARS-CoV-2 collaborations.
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Citer

Enis Afgan, Anton Nekrutenko, Bjórn Grüning, Daniel Blankenberg, Jeremy Goecks, et al.. The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2022 update. Nucleic Acids Research, 2022, 50 (W1), pp.W345-W351. ⟨10.1093/nar/gkac247⟩. ⟨hal-04053853⟩
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