Genome structures resolve the early diversification of teleost fishes
Elise Parey
(1, 2)
,
Alexandra Louis
(2)
,
Jérôme Montfort
(1)
,
Olivier Bouchez
(3)
,
Céline Lopez-Roques
(3)
,
Carole Iampietro
(3)
,
Jérôme Lluch
(3)
,
Adrien Castinel
(3)
,
Cécile Donnadieu
(3)
,
Thomas Desvignes
(4)
,
Christabel Floi Bucao
(5, 6)
,
Elodie Jouanno
(1)
,
Ming Wen
(1, 7)
,
Sahar Mejri
(8)
,
Ron Dirks
(9)
,
Hans Jansen
(9)
,
Christiaan Henkel
(10, 11)
,
Wei-Jen Chen
(12)
,
Margot Zahm
(13)
,
Cédric Cabau
(13, 14)
,
Christophe C. Klopp
(15, 13)
,
Andrew W Thompson
(16, 17)
,
Marc Robinson-Rechavi
(5)
,
Ingo Braasch
(17)
,
Guillaume Lecointre
(18)
,
Julien Bobe
(1)
,
John H Postlethwait
(4)
,
Camille Berthelot
(2, 19)
,
Hugues Roest Crollius
(2)
,
Yann Guiguen
(1)
1
LPGP -
Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons
2 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
3 GeT-PlaGe - Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique
4 University of Oregon [Eugene]
5 UNIL - Université de Lausanne = University of Lausanne
6 SIB - Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne]
7 HNU - Hunan Normal University
8 Florida Atlantic University [Boca Raton]
9 Future Genomics Technologies
10 Universiteit Leiden = Leiden University
11 NMBU - Norwegian University of Life Sciences
12 NTU - National Taiwan University [Taiwan]
13 GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage
14 SIGENAE - Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage
15 MIAT INRAE - Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse
16 Western Michigan University [Kalamazoo]
17 Michigan State University [East Lansing]
18 ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité
19 Génomique fonctionnelle comparative - Comparative functional genomics
2 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
3 GeT-PlaGe - Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique
4 University of Oregon [Eugene]
5 UNIL - Université de Lausanne = University of Lausanne
6 SIB - Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne]
7 HNU - Hunan Normal University
8 Florida Atlantic University [Boca Raton]
9 Future Genomics Technologies
10 Universiteit Leiden = Leiden University
11 NMBU - Norwegian University of Life Sciences
12 NTU - National Taiwan University [Taiwan]
13 GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage
14 SIGENAE - Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage
15 MIAT INRAE - Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse
16 Western Michigan University [Kalamazoo]
17 Michigan State University [East Lansing]
18 ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité
19 Génomique fonctionnelle comparative - Comparative functional genomics
Elise Parey
- Function : Author
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- IdHAL : elise-parey
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Alexandra Louis
- Function : Author
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Jérôme Montfort
- Function : Author
- PersonId : 739749
- IdHAL : jerome-montfort
Olivier Bouchez
- Function : Author
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- IdHAL : obouchez
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Céline Lopez-Roques
- Function : Author
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- IdHAL : celine-roques
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Carole Iampietro
- Function : Author
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- IdHAL : carole-iampietro
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Adrien Castinel
- Function : Author
- PersonId : 754699
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Cécile Donnadieu
- Function : Author
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Elodie Jouanno
- Function : Author
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Margot Zahm
- Function : Author
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Cédric Cabau
- Function : Author
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Christophe C. Klopp
- Function : Author
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Guillaume Lecointre
- Function : Author
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Julien Bobe
- Function : Author
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Camille Berthelot
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- Function : Correspondent author
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Hugues Roest Crollius
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- PersonId : 175223
- IdHAL : hugues-roest-crollius
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Yann Guiguen
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- IdRef : 094996423
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Abstract
Accurate species phylogenies are a prerequisite for all evolutionary research. Teleosts are the largest and most diversified group of extant vertebrates, but relationships among their three oldest extant lineages remain unresolved. On the basis of seven high-quality new genome assemblies in Elopomorpha (tarpons, eels), we revisited the topology of the deepest branches of the teleost phylogeny using independent gene sequence and chromosomal rearrangement phylogenomic approaches. These analyses converged to a single scenario that unambiguously places the Elopomorpha and Osteoglossomorpha (arapaima, elephantnose fish) in a monophyletic sister group to all other teleosts, i.e., the Clupeocephala lineage (zebrafish, medaka). This finding resolves more than 50 years of controversy on the evolutionary relationships of these lineages and highlights the power of combining different levels of genome-wide information to solve complex phylogenies.