L’objectif de mon stage, était de voir si la méthode metabarcoding, nouvelle méthode de détection de l’ADN présent dans le milieu, pouvait être utilisée comme outil de monitoring d’un observatoire de l’environnement. Pour répondre à cette question, dans un premier temps, j’ai étudié les variations temporelles du signal ADN obtenu à partir de prélèvements effectués à la station du Theil. Ces variations temporelles ont été tout d’abord filtrées selon : le pourcentage d’occurrence des espèces et la probabilité de détection de celles-ci, afin d’approcher au mieux la nature de la population. L’ADN présent dans un milieu, d’après la littérature, est conditionné par les variations des facteurs environnementaux, qui influent sur sa persistance. C’est pourquoi, dans un deuxième temps, analyser l’évolution de la richesse spécifique en fonction de la température ou encore du débit va être primordial pour comprendre comment évolue le signal ADN dans le temps. Il s’est avéré, dans le cadre de cette étude, que ces deux facteurs n’ont pas montré de corrélations significatives permettant d’expliquer les changements dans le signal ADN, notamment, avec la présence de points « singuliers » difficiles à expliciter. Finalement, les données obtenues par les pêches électriques ont été comparées avec celles de la méthode metabarcoding. Elles ont confirmé la pertinence de la méthode pour la détectabilité de la richesse spécifique du bassin étudié. Ce qui est prometteur dans le sens où on pourrait l’utiliser comme outil de monitoring. Calibrer cette méthode en affinant les lieux et les périodes d’échantillonnage serait une piste à évaluer dans l’avenir.