Caractérisation de la diversité phylogénétique et fonctionnelle de l’Antigène 43 chez Escherichia coli
Abstract
L'antigène 43 (Ag43) est une protéine exposée à la surface cellulaire d'Escherichia coli induisant l'agrégation cellulaire et contribuant à la formation de biofilm. Cette protéine de la membrane externe (OMP) est sécrétée par le système de sécrétion de Type V, sous-type « a » (T5aSS) et est un membre prototypique de la famille des autotransporteurs auto-associatifs (SAAT). En tant que protéine T5aSS, Ag43 possède une architecture modulaire composée de (i) un peptide signal, (ii) un domaine passager qui peut être subdivisé en trois sous-domaines (SL, EJ et BL), (iii) un domaine autochaperon (AC), et (iv) un translocateur de membrane externe. Le sous-domaine SL de la surface cellulaire est directement impliqué dans le mécanisme de « poignée de main Velcro » entraînant l'autoagrégation bactérienne. Une analyse du réseau phylogénétique axée sur le passager a révélé pour la première fois une répartition en six classes distinctes (C1 à C6). La diversité des domaines passagers Ag43 est le résultat de l'association des sous-types SL avec deux types de modules EJ-BL-AC. Nous révélons que le gène agn43 est présent presque exclusivement chez les espèces bactériennes de la famille des Enterobacteriaceae et essentiellement dans le genre Escherichia mais qu'il n'est pour autant pas ubiquitaire chez E. coli.
Les analyses fonctionnelles ont révélé que des interactions homotypiques se produisent pour toutes les classes d'Ag43, mais avec des différences significatives dans la cinétique de sédimentation et la nature des agrégats. En revanche, des interactions hétérotypiques ont été observées dans un nombre très limité de cas. La microscopie de force atomique a démontré l'importance des interactions spécifiques et non spécifiques dans la médiation de la reconnaissance des Ag43. Ces différences structurelles dans les sous-domaines des classes Ag43 semblent expliquer différentes dynamiques d'auto-agrégation et propensions à co-interagir. Ces résultats mettent en lumière la diversité de l'Ag43 et fournissent un cadre rationnel pour étudier son rôle dans l'écophysiopathologie d'E. coli.