Engagé « par défaut » dans des études d’agronomie, Alain Deshayes est en revanche très tôt passionné par la génétique dans une période où la biologie moléculaire fait des progrès considérable et améliore considérablement la compréhension scientifique du vivant. Son engagement scientifique à l’Inra l’amène à des responsabilités d’orientation au niveau de la direction générale de l’Institut, qu’il finit néanmoins par quitter pour rejoindre le secteur privé. Tout au long de sa carrière, sans renoncer en rien à son engagement en faveur de la science, il fait sensiblement évoluer sa conception des rapports entre la science et la société.