Cet article présente des pratiques innovantes d’estimation régionalisée et d’analyse structurelle des coûts spécifiques pour le blé, basées sur le Réseau d’information comptable agricole européen (RICA). Dans la conduite des politiques publiques, il est nécessaire de générer non seulement les estimations centrales de la distribution du paramètre d'intérêt mais également les quantiles inférieurs ou supérieurs pour sélectionner des seuils de régulation appropriés. Prenant en compte l’hétérogénéité individuelle et l'asymétrie des charges spécifiques des exploitations agricoles, l’article introduit les méthodologies d'estimation des coûts spécifiques en quantiles conditionnels, l’estimation duale des marges brutes et l'imputation pseudo-barycentrique des estimations partielles. L'analyse confirmatoire est conduite à partir d'analyses factorielles et de classifications non supervisées La mise en éléments supplémentaires sur graphiques factoriels permet une analyse des changements d’échelle, du national au régional ou au structurel, par l’étude comparative des résultats statistiques. La projection cartographique au niveau régional des référentiels typologiques ainsi constitués permet d’en éprouver la pertinence économique. Cette procédure innovante est appliquée à l’analyse des coûts spécifiques et des marges brutes pour les régions des principaux pays producteurs de blé dans l’Union européenne sur la base du RICA en 2006.