De nombreux changements dans les communautés écologiques ont été observés en même temps que l’évolution des conditions environnementales dans l’estuaire de la Gironde. Cet estuaire est une zone de reproduction, de refuge et de couloir migratoire pour de nombreuse espèces dont celles d’intérêt halieutique, il est donc important de s’intéresser à son évolution. Les relations trophiques représentant un aspect primordial dans le fonctionnement d’un écosystème, l’utilisation des modèles trophiques est donc devenue centrale pour l’exploration des conséquences des changements globaux sur les écosystèmes marins. Pour décrire et comprendre les évolutions passées du réseau trophique estuarien, nous avons donc utilisé la modélisation de son réseau trophique et particulièrement, nous avons étudié l’évolution des contrôles trophiques au sein de cet estuaire. Grâce à notre étude nous pouvons étudier les possibles causes de ces changements observés qu’ils soient internes ou externes au réseau trophique. Pour ce faire, deux approches de modélisations trophodynamiques différentes sont utilisées : le modèle Ecopath combiné à sa version dynamique Ecosim (EwE) et le modèle de Chance et Nécessité (CaN). EwE étant le modèle le plus utilisé à travers le monde et CaN, étant une nouvelle approche de modélisation prenant en compte une partie aléatoire dans la détermination des flux entre compartiments. Un parallèle est fait entre les différents paramètres pour que les deux modèles soient comparables. Les deux modèles nous ont tous les deux montrés que le contrôle trophique expliquant les variations passées est le contrôle bottom-up. De plus, RCaN a servi à mieux comprendre ces variations passées. La comparaison des deux modèles nous montre l’importance de la stochasticité dans l’écologie et surtout que ces deux modèles, reposant sur des principes différents, sont en accord.