Le développement embryonnaire du porc diffère de celui de l'homme et de la souris dès le stade du blastocyste et se caractérise par une implantation beaucoup plus tardive. Cette période particulière est associée à un allongement de l’embryon et à une croissance importante des tissus extra-embryonnaires et reste encore mal comprise. Afin de mieux comprendre la biologie du blastocyste de porc, nous avons généré un vaste ensemble de données transcriptomiques (scRNAseq) et multi-omiques (scRNAseq et scATAC-seq dans la même cellule) à différents stades embryonnaires (blastocystes précoces, tardifs, ovoïdes et allongés) ainsi que des données protéomiques provenant des fluides utérins correspondants. En utilisant ces données, nous avons d'abord caractérisé les populations de cellules embryonnaires et extra-embryonnaires et leur évolution, et identifié des marqueurs spécifiques de ces populations. Nous avons ensuite prédit les réseaux de régulation génique (régulons) spécifiquement actifs dans chaque population embryonnaire. Ces régulons ont été associés à des voies de signalisation et à des processus biologiques avec le logiciel CellCom permettant de calculer l'expression des ligands soit par les cellules soit dans les fluides utérins avec l'expression moyenne des TF, des récepteurs et des acteurs intermédiaires. Les mêmes approches ont été appliquées aux lignées de cellules souches embryonnaires porcines dérivées au laboratoire et nous ont permis de caractériser l’hétérogénéité au sein d’une même lignée, pour le potentiel de différentiation et la pluripotence cellulaire. Grâce à cette étude intégrative, nous avons identifié de nouveaux acteurs clés contrôlant la biologie des trois principales lignées cellulaires et mis en évidence de nouvelles sous-populations spécifiques à chaque stade. Nous fournissons également de nouvelles informations sur les interactions fonctionnelles de ces populations cellulaires avant l'implantation et dans les cellules ES porcines en culture.