La protéomique, étude de l’ensemble des protéines d’un organisme donné, a connu de nombreuses avancées au fil du temps. La première grande révolution en protéomique peut être attribuée au changement d’échelle lors du passage de la protéomique faite en gel bidimensionnel où chaque protéine était identifiée individuellement par spectrométrie de masse à la protéomique shotgun, où des centaines puis milliers de protéines sont identifiées et quantifiées (Gouveia et al., 2020). La protéomique ciblée où des lots de protéines sont quantifiées plus précisément est également possible à plus large échelle. L’étendue des possibles est telle que ces méthodologies s’appliquent également sur des mélanges plus complexes d’organismes, comme par exemple les microbiotes (Armengaud, 2023). Une nouvelle révolution est en cours avec la mise au point d’une nouvelle génération d’instruments de spectrométrie de masse en tandem permettant des cadences d’analyses supérieur à 200 Hz, voire 300 Hz. Ce type d’instrument nous a permis d’établir en Juillet 2023 un premier record mondial, avec plus de 122,000 peptides et 38,000 groupes de protéines identifiées et quantifiées en 30 minutes (Dumas et al., 2023). Quelles perspectives en écotoxicologie sont envisageables avec une telle puissance analytique ? Références Gouveia D, Grenga L, Pible O, Armengaud J (2020) Quick microbial molecular phenotyping by differential shotgun proteomics. Environ Microbiol. 22:2996-3004. Armengaud J (2023) Metaproteomics to understand how microbiota function: the crystal ball predicts a promising future. Env Microbiol 25:115-125. Dumas T, Martinez Pinna R, Lozano C, Radau S, Pible O, Grenga L, Armengaud J (2023) The astounding exhaustiveness and speed of the Astral mass analyzer for highly complex samples is a quantum leap in functional analysis of microbiomes. Microbiomes, soumis.