Les écosystèmes microbiens jouent un rôle majeur pour les cycles élémentaires dans la nature, le développement des plantes et la santé des animaux. Comment les microorganismes interagissent entre eux, avec leurs hôtes, et avec leur environnement sont des questions abordées par la métaprotéomique. L’étude des protéines de ces échantillons particulièrement complexes permet d’obtenir quatre types de réponses : 1) identification des taxa présents, 2) quantification des biomasses de ces organismes, 3) identification des protéines de ces taxa et leur fonctionnement, et 4) représentation fonctionnelle globale du système biologique. Afin de mieux comprendre le fonctionnement des microbiotes, la question de la quantification des biomasses est essentielle. Le concept récemment développé de « phylopeptidomique » permet une quantification plus précise de la biomasse protéique des taxons identifiés [1], mettant en évidence une nouvelle dimension à partir des données du microbiome, et améliore le protéotypage des taxons environnementaux [2-4]. Les défis en terme de spectrométrie de masse, d’interprétation et fouille des résultats seront abordés. Plusieurs exemples récents seront présentés [5-8] ainsi que notre vision de la métaprotéomique en tant qu’outil de diagnostic [9]. Références bibliographiques: 1. Pible O, Allain F, Jouffret V, Culotta K, Miotello G, Armengaud J (2020) Estimating relative biomasses of organisms in microbiota using “phylopeptidomics”. Microbiome 8:30. 2. Hayoun K, Gaillard JC, Pible O, Alpha-Bazin B, Armengaud J (2020) High-throughput proteotyping of bacterial isolates by double barrel chromatography-tandem mass spectrometry based on microplate paramagnetic beads and phylopeptidomics. J. Proteomics 226:103887. 3. Hayoun K, Pible O, Petit P, Allain F, Jouffret V, Culotta K, Rivasseau C, Armengaud J, Alpha-Bazin B (2020) Proteotyping Environmental Microorganisms by Phylopeptidomics: Case Study Screening Water from a Radioactive Material Storage Pool. Microorganisms 8(10):E1525. 4. Lozano C, Kielbasa M, Gaillard JC, Miotello G, Pible O, Armengaud J (2022) Identification and characterization of marine microorganisms by tandem mass spectrometry proteotyping. Microorganisms 10(4):719. doi: 10.3390/microorganisms10040719. 5. Gouveia D, Pible O, Culotta K, Jouffret V, Geffard O, Chaumot A, Degli-Esposti D, Armengaud J (2020) Combining proteogenomics and metaproteomics for deep taxonomic and functional characterization of microbiomes from a non-sequenced host. NPJ Biofilms Microbiomes 5:6(1):23. 6. Bourdin V, Charlier P, Crevat S, Slimani L, Chaussain C, Kielbasa M, Pible O, Armengaud J (2023) Deep paleoproteotyping and microtomography revealed no heart defect nor traces of embalming in the cardiac relics of Blessed Pauline Jaricot. International Journal of Molecular Sciences, 24(3):3011. doi: 10.3390/ijms24033011. 7. Grenga L, Pible O, Miotello G, Culotta K, Ruat S, Roncato MA, Gas F, Bellanger L, Claret PG, Dunyach-Remy C, Laureillard D, Sotto A, Lavigne JP, Armengaud J (2022) Taxonomical and functional changes in COVID-19 faecal microbiome could be related to SARS-CoV-2 faecal load. Env Microbiol. 24(9):4299-4316. doi: 10.1111/1462-2920.16028. 8. Hardouin P, Pible O, Marchandin H, Culotta K, Armengaud J, Chiron R, Grenga L (2022) Quick and wide-range taxonomical repertoire establishment of the cystic fibrosis lung microbiota by tandem mass spectrometry on sputum samples. Frontiers in Microbiology 13:975883. doi: 10.3389/fmicb.2022.975883. 9. Armengaud J (2023) Metaproteomics to understand how microbiota function: the crystal ball predicts a promising future. Env Microbiol 25(1):115-125. doi: 10.1111/1462-2920.16238.