L’identification par spectrométrie MALDI-TOF des microorganismes isolés a changé le diagnostic clinique en quelques années. Aujourd’hui, de nouvelles méthodes plus raffinées, telle que la spectrométrie de masse en tandem appliquée aux protéines et peptides, permettent d’être encore plus spécifique pour discriminer des sous-espèces, voire des souches, et pour enregistrer encore plus d’information sur chaque échantillon. Le « protéotypage » de tout type de pathogène est désormais possible, même ceux non encore répertoriés dans les bases de données [1,2]. Des échantillons de plus en plus complexes, tels que des microbiotes comportant plusieurs centaines de microorganismes peuvent être analysés de façon exhaustive et ultra-rapidement. L’analyse métaprotéomique permet dans ce cas d’identifier et quantifier des dizaines de milliers de protéines, d’en déduire quels microorganismes sont présents dans l’échantillon, d’établir précisément leurs parts relatives en terme de biomasse, et d’obtenir des informations fonctionnelles telles que par exemple leurs résistomes [3]. Plusieurs exemples acquis avec notre parc instrumental et analysés avec notre pipeline informatique seront commentés. Ces nouvelles perspectives ouvrent un grand éventail de nouveaux diagnostics pour le laboratoire clinique [4]. Références: 1- Hayoun K, Gaillard JC, Pible O, Alpha-Bazin B, Armengaud J. 2020. High-throughput proteotyping of bacterial isolates by double barrel chromatography-tandem mass spectrometry based on microplate paramagnetic beads and phylopeptidomics. J. Proteomics 226:103887. 2- Hayoun K, Gouveia D, Grenga L, Pible O, Armengaud J, Alpha-Bazin B. 2019. Evaluation of sample preparation methods for fast proteotyping of microorganisms by tandem mass spectrometry. Frontiers in Microbiol 10:1985. 3- Pible O, Allain F, Jouffret V, Culotta K, Miotello G, Armengaud J (2020) Estimating relative biomasses of organisms in microbiota using “phylopeptidomics”. Microbiome 8:30. 4- Grenga L, Pible O, Armengaud J (2019) Pathogen proteotyping: A rapidly developing application of mass spectrometry to address clinical concerns. Clinical Mass Spectrometry 14:9-17.