La protéogénomique est une science qui regroupe les approches omiques telles que la génomique, la transcriptomique et la protéomique et qui a pour objectif d’améliorer la compréhension des systèmes biologiques complexes. Cet article montre comment l’étude des marqueurs de virulence et d’antibiorésistance chez les bactéries pathogènes peut être améliorée par de telles approches intégratives, en se basant sur Burkholderia pseudomallei comme exemple. En effet, le génome bactérien (génomique), sa régulation transcriptionnelle (transcriptomique) et le phénotype résultant des protéines clés (protéomique) peuvent être aujourd’hui établis pour plusieurs souches, mais toutes ces données complémentaires peuvent surtout être mieux exploitées en synergie pour comprendre la spécificité de chacune de ces souches.