La recherche de pratiques culturales compatibles avec une agriculture durable, écologiquement fiable, relance considérablement l’intérêt des intervenants agricoles (biotechnologues, semenciers, phytochimistes, producteurs, …) pour l’utilisation des ressources microbiennes des sols et en particulier des symbioses. En Europe, les plantes cultivées sont pratiquement toutes (i) associées à des microorganismes symbiotiques (champignons mycorhiziens, bactéries) et (ii) d’origine exotique. Les symbioses permettent une amélioration significative de la productivité végétale, en particulier par un accès à des ressources nutritives et aqueuses, inaccessibles aux racines. La sélection des microorganismes symbiotiques est une étape-clé qui doit répondre à plusieurs critères comme la compatibilité avec la plante hôte ciblée et également avec les conditions environnementales et édaphiques de la zone de production visée. Lors de leur dissémination à partir de leur aire d’origine les plantes ont subi des étapes de sélection et d’amélioration génétiques, qui ont permis d’augmenter leur productivité, mais en l’absence des partenaires microbiens d’origine, compensée par des fertilisants. Une stratégie logique dans la sélection de partenaires microbiens efficaces serait donc de remonter les étapes de sélection génétique afin de réidentifier les partenaires symbiotiques d’origine, imposant de retourner dans les aires natives des plantes. Mais la question se pose alors des critères éthiques et sanitaires liés à l’utilisation de ressources microbiennes d’origine exotique.