Typologie von Pflanzenviren in Stäbchenform nach der Aminosäurenzusammensetzung ihres Kapsidproteins
Typology of rod plant viruses according to the amino acid composition of their capsid protein
Tipología de los virus de los bastones de las plantas según la composición de aminoácidos de la proteína de su cápside
Typologie des virus de plantes en bâtonnet d’après la composition en acides aminés de leur protéine de capside
Tipologia di virus vegetali a bastoncino in base alla composizione aminoacidica della loro proteina del capside
Résumé
Die Aminosäurenzusammensetzung des Kapsidproteins des Virions ist ein Kriterium, das die Virentaxonomie seit über 20 Jahren verwendet. Mit Hilfe der Korrespondenzanalyse und der hierarchischen aufsteigenden Klassifikation konnten wir aus diesem Kriterium taxonomische Schemata ableiten, die auf einem großen Korpus mit den vom Internationalen Komitee für die Taxonomie der Viren angenommenen Schemata übereinstimmen.
Der Zweck der vorliegenden Studie ist es, diese Methode auf die verfügbaren Daten zu Pflanzenviren mit starren Stäben anzuwenden. Unsere Typologie, die auf der Aminosäurenzusammensetzung des Kapsids basiert, verwendet Distanzberechnungen zwischen Viren und ermöglicht die Berechnung von Distanzen zwischen Klassenzentren oder zwischen Viren und Klassenzentren. Beachten Sie, dass einige Stäbchenviren sehr labil sind und in den infizierten Pflanzen nur in sehr geringen Konzentrationen vorkommen. In solchen Fällen ist es jedoch möglich, kleine Mengen an gereinigtem Kapsidprotein zu erhalten. Die Analyse dieses Proteins könnte relativ sichere Kriterien für die Klassifizierung von Viren und die Identifizierung neuer Gruppen liefern.
The amino acid composition of the virion capsid protein is a criterion that has been used in viral taxonomy for over 20 years. Using correspondence analysis and hierarchical ascending classification, we have been able to derive taxonomic schemes from this criterion that are consistent, over a large corpus, with those adopted by the International Committee for Taxonomy of Viruses.
The aim of the present study is to apply this method to the available data on plant viruses in rigid rods. Our typology, based on the amino acid composition of the capsid, uses distance calculations between viruses, and makes it possible to calculate distances between class centres or between virus and class centre. It should be noted that some rod-shaped viruses are very labile and are only found in infected plants at very low concentrations. In such cases, however, it is possible to obtain small quantities of purified capsid protein. Analysis of this protein could provide relatively reliable criteria for classifying viruses and identifying new groups.
La composición en aminoácidos de la proteína de la cápside del virión es un criterio utilizado en taxonomía vírica desde hace más de 20 años. Utilizando el análisis de correspondencias y la clasificación jerárquica ascendente, hemos podido derivar esquemas taxonómicos a partir de este criterio que son coherentes, en un corpus amplio, con los adoptados por el Comité Internacional para la Taxonomía de los Virus.
El objetivo del presente estudio es aplicar este método a los datos disponibles sobre los virus vegetales de varilla rígida. Nuestra tipología, basada en la composición en aminoácidos de la cápside, utiliza cálculos de distancia entre virus y permite calcular distancias entre centros de clase o entre virus y centro de clase. Cabe señalar que algunos virus en forma de bastón son muy lábiles y sólo se encuentran en las plantas infectadas en concentraciones muy bajas. En tales casos, sin embargo, es posible obtener pequeñas cantidades de proteína de cápside purificada. El análisis de esta proteína podría proporcionar criterios relativamente fiables para clasificar los virus e identificar nuevos grupos.
La composition en acides aminés de la protéine de la capside du virion est un critère que la taxinomie virale utilise depuis plus de 20 ans. Grâce à l'analyse des correspondances et à la classification ascendante hiérarchique, nous avons pu tirer de ce critère des
schémas taxinomiques s'accordant, sur un vaste corpus, avec ceux adoptés par le Comité International pour la Taxinomie des
Virus .l'objet de la présente étude est d'appliquer cette méthode aux données disponibles relatives aux virus de plante en bâtonnet rigide. Notre typologie fondée sur la composition en acides aminés de la capside, utilise des calculs de distance entre virus, et permet de calculer des distances entre centres de classes ou entre virus et centre de classe.Notons que certains virus en bâtonnet sont très labiles et ne se trouvent dans les plantes infectées qu'à des concentrations très faibles. En pareil cas, il est cependant possible d'obtenir de petites quantités de protéine capsidaire purifiée. L'analyse de celle-ci apparaît susceptible de fournir des critères relativement sûrs pour classer les virus et identifier de nouveaux groupes.
La composizione aminoacidica della proteina del capside del virione è un criterio utilizzato nella tassonomia virale da oltre 20 anni. Utilizzando l'analisi delle corrispondenze e la classificazione gerarchica ascendente, siamo stati in grado di ricavare da questo criterio schemi tassonomici coerenti, su un ampio corpus, con quelli adottati dal Comitato internazionale per la tassonomia dei virus.
Lo scopo del presente studio è quello di applicare questo metodo ai dati disponibili sui virus vegetali ad asta rigida. La nostra tipologia, basata sulla composizione aminoacidica del capside, utilizza il calcolo della distanza tra i virus e consente di calcolare le distanze tra centri di classe o tra virus e centro di classe. Va notato che alcuni virus a forma di bastoncello sono molto labili e si trovano nelle piante infette solo a concentrazioni molto basse. In questi casi, tuttavia, è possibile ottenere piccole quantità di proteine del capside purificate. L'analisi di questa proteina potrebbe fornire criteri relativamente affidabili per classificare i virus e identificare nuovi gruppi.
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)