Dans un contexte d’évolution de la gouvernance sanitaire en France, cet article déploie une réflexion sur la dynamique des dispositifs publics de gestion des épidémies animales dans les secteurs de l’élevage, porteuses d’incertitudes et souvent de crises de gouvernance (« vache folle », « grippe aviaire », fièvre aphteuse…). Dans ces situations complexes, interorganisationnelles, marquées par l’incertitude et par des temporalités resserrées de gestion, l’activité organisatrice et managériale est permanente, et l’enjeu est de caractériser et comprendre la dynamique des dispositifs de gestion mis en oeuvre. Afin de réaliser une cartographie fine et dynamique des dispositifs, les auteurs s’appuient, d’une part, sur le cadre théorique de l’« analyse dispositionnelle » développé par des relectures récentes de la notion de dispositif de Michel Foucault. D’autre part, ils ancrent cette analyse dans la perspective, micro et située, du day to day administering, en mobilisant la notion de situation de gestion de Jacques Girin. Ils font ainsi l’hypothèse que la situation de gestion est un site de recombinaison intense des dispositifs, et qu’elle offre un cadre d’interprétation de leur dynamique. La méthodologie repose sur une analyse longitudinale et comparée de trois situations de gestion de maladies animales sur un territoire spécifique (une crise sanitaire, la réémergence d’une maladie et une situation de maladie endémique).L’analyse révèle une architecture de dispositifs sanitaires dont les articulations changent avec l’évolution de la situation de gestion. Trois modalités de recombinaison sont identifiées, fondées sur le mécanisme de problématisation et la participation des acteurs. L’article montre l’articulation complexe entre l’évolution de la situation et la dynamique des dispositifs, et produit des pistes de réflexion pour construire une gouvernance plus robuste des problèmes publics de santé animale, articulant posture situationnelle et posture planificatrice.