La quête d'une extraction tout-en-un, rapide et monophasique - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Access content directly
Conference Poster Year : 2024

La quête d'une extraction tout-en-un, rapide et monophasique

Abstract

L’essor de la métabolomique entraine une demande croissante de caractérisation de métabolites à grande échelle dans diverses matrices. MetaboHUB, en tant qu'infrastructure nationale, s'efforce de répondre à ces besoins en fournissant des outils et méthodes analytiques de pointe. Pour une analyse globale d’échantillons sanguins, deux protocoles distincts sont souvent utilisés : l’un dédié aux métabolites polaires, l’autre aux lipides apolaires. Pour l’étude de grandes cohortes, un protocole tout-en-un de préparation des échantillons capable d’extraire à la fois les métabolites et les lipides d'intérêt semble d’intérêt majeur. Le choix du solvant d’extraction est un élément clé de l’optimisation des protocoles et de leur automatisation : le méthanol est couramment utilisé en métabolomique, tandis que l'isopropanol est préféré en lipidomique. Nous avons comparé l’extraction de plasma et du sérum humain par ces deux solvants purs ou en mélanges, respectivement à 3:1 et 2:2 (isopropanol:méthanol, v:v), , utilisés à un ratio commun de 1:4 (matrice:solvant, v:v). Une approche métabolomique non-ciblée a été réalisée : acquisition des données par LC-QToF, puis retraitement sur W4M. Les ions extraits ont été filtrés selon plusieurs critères qualités. L’efficacité d’extraction des solvants a été évaluée en termes de profils globaux et nombres d’annotations (banque interne, HMDB, Lipidmaps). Les premiers résultats métabolomiques montrent un effet de la méthode de préparation sur la répétabilité des analyses et sur le nombre de métabolites et lipides extraits. Le mélange 2:2 semblerait offrir le meilleur compromis. Ce choix sera complété par une analyse avec un protocole MS optimisé pour la lipidomique.
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Dates and versions

hal-04611707 , version 1 (13-06-2024)

Identifiers

  • HAL Id : hal-04611707 , version 1

Cite

Marine Valleix, Delphine Centeno, Stéphanie Durand, Estelle Pujos-Guillot. La quête d'une extraction tout-en-un, rapide et monophasique. 16èmes Journées Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et de Fluxomique, Jun 2024, St Malo, France. ⟨hal-04611707⟩
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