URGI Plant Bioinformatics Facility (PlantBioinfoPF) data management plan - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Accéder directement au contenu
Rapport (Plan De Gestion De Données/Data Management Plan) Année : 2024

URGI Plant Bioinformatics Facility (PlantBioinfoPF) data management plan

Plan de gestion de données de la Plateforme de Bioinformatique des Plantes de l'URGI (PlantBioinfoPF)

Résumé

The Plant Bioinformatics Facility (PlantBioinfoPF - doi:10.15454/1.5572414581735654E12) supports research activities in plant genetics and genomics. It is hosted by URGI, an INRAE research unit. The services offered by the platform cover database design, software engineering, software hosting, data integration and training. The platform's activities benefit from URGI's research activities (data integration, annotation of repeats, study of genome structure and evolution). PlantBioinfoPF belongs to IFB (Institut Français de Bioinformatique), the French node of the Elixir European network of bioinformatics platforms. It has been certified by INRAE's ISC (Infrastructure Scientifique Collective) committee and by the GIS IBISA (Groupement d'Intérêt Scientifique - Infrastructures en Biologie Sante et Agronomie) as a national strategic platform. The platform also belongs to the INRAE Research Infrastructure BioinfOmics and is part of the Saclay Plant Science Network and the Biosphera Graduate School. It is ISO9001 v. 2015 certified. PlantBioinfoPF's data management plan describes the lifecycle of the data managed by the platform via 3 management modes: 1) "Information Systems" details the management of data in our Information systems (GnpIS warehouse and p PlantBioinfoPF's data management plan describes the various stages in the lifecycle of the data managed by the platform via 3 management modes: 1) "Information systems" details the management of data in our Information systems (GnpIS warehouse and data federation portals), 2) "Software" details the management of the source code of the software we develop and 3) "Genome analysis" details the management of data as part of our genome analyses.
La plateforme de bioinformatique des plantes, PlantBioinfoPF (Plant Bioinformatics Facility - doi:10.15454/1.5572414581735654E12) soutient les activités de recherche en génétique et génomique sur les plantes. Elle est hébergée par l'URGI, une unité de recherche INRAE. Les services offerts par la plateforme couvrent la conception de bases de données, l'ingénierie logicielle, l'hébergement de logiciels, l'intégration de données et la formation. Les activités de la plateforme bénéficient des activités de recherche de l'URGI (intégration de données, annotation de répétitions, étude de la structure et de l'évolution des génomes). PlantBioinfoPF appartient à l'IFB (Institut Français de Bioinformatique), noeud français du réseau européen de plateformes de bioinformatiques Elixir. Elle a été labellisée par le comité ISC (Infrastructure Scientifique Collective) d'INRAE et par le GIS IBISA (Groupement d'Intérêt Scientifique - Infrastructures en Biologie Sante et Agronomie) comme plateforme stratégique nationale. La plateforme appartient également à l'Infrastructure de Recherche INRAE BioinfOmics et elle fait partie du réseau Science des Plantes de Saclay et la Graduate School Biosphera. Elle est certifiée ISO9001 v. 2015. Le plan de gestion de données de PlantBioinfoPF décrit les différentes étapes du cycle de vie des données gérées par la plateforme via 3 modes de gestion : 1) "Systèmes d’information" détaille la gestion des données dans nos systèmes d’Information (entrepôt GnpIS et portails de fédération de données), 2) "Logiciel" détaille la gestion des codes source des logiciels que nous développons et 3) "Analyse des génomes" détaille la gestion des données dans le cadre de nos analyses de génomes.
Fichier principal
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URGI_Plant_Bioinformatics_Facility_v2_en (1).pdf (647.34 Ko) Télécharger le fichier
URGI_Plant_Bioinformatics_Facility_v2_fr (1).pdf (702.35 Ko) Télécharger le fichier
Origine Fichiers produits par l'(les) auteur(s)
Licence
Commentaire PlantBioinfoPF DMP
Licence
Commentaire PGD PlantBioinfoPF

Dates et versions

hal-04646807 , version 1 (15-07-2024)

Licence

Identifiants

Citer

Célia Michotey, Michael Alaux, Raphaël Flores, Anne-Françoise Adam-Blondon. URGI Plant Bioinformatics Facility (PlantBioinfoPF) data management plan: PlantBioinfoPF DMP. INRAE. 2024. ⟨hal-04646807⟩
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