Le contexte scientifique de ce projet souligne l'importance des forêts dans l'environnement, particulièrement leur rôle dans le cycle de l'eau, la préservation des sols et le stockage du carbone pour la régulation du climat. Le peuplier noir est utilisé comme modèle d'étude de par sa facilité de culture, sa capacité à produire du bois et son intérêt écologique en tant qu'espèce bio-indicatrice. Le projet de recherche dont s'inscrit mon stage, vise à étudier les profils d'expression transcriptomique dans un tissu spécifique du bois. Un pipeline bio-informatique est mis en place pour analyser les données de RNA-seq et quantifier l'abondance des transcrits. L'étude sur l'expression des gènes dans le peuplier noir permet d’approfondir notre compréhension de sa diversité génétique au sein des différentes populations naturelles. Le choix des outils pour cette étude a été basé sur des critères tels que leur fréquence de mention dans la littérature scientifique et des tests d'évaluation, notamment en termes de pourcentage d'alignement. Pour le pipeline nf-core/rnaseq, le choix des outils était plus restreint en raison de contraintes de temps, ce qui a motivé la sélection des échantillons de test les plus représentatifs. Les contrôles qualité effectués sur les 461 échantillons ont montré une bonne qualité globale des données, avec des scores de Phred supérieurs à 30. Cependant, l'analyse du contrôle qualité a révélé des différences entre certains réplicats, probablement dues à des facteurs environnementaux tels que la position sur la parcelle, le sol, la période de récolte. Pour mieux comprendre ces variations, une étude biostatistique plus approfondie sera nécessaire afin d'obtenir des réponses.