L'U3E est une unité expérimentale de l'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE), rattachée au département ECODIV (Écologie et biodiversité des milieux forestiers, prairiaux et aquatiques). Elle constitue un support aux recherches menées sur les écosystèmes aquatiques. Ses travaux s'effectuent dans le cadre d’infrastructures nationales de recherche : AnaEE-France Analyses et expérimentations sur les écosystèmes continentaux et leur biodiversité, RARE, ressources agronomiques pour la recherche et ORE DiaPFC Observatoire de recherche en environnement sur les poissons diadromes dans les fleuves côtiers (effet des changements environnementaux, climatiques, liés à l’agriculture). Par ses activités, l’originalité de ses outils et ses compétences élargies (écologie et dynamique des populations, écotoxicologie et qualité des écosystèmes aquatiques, aquaculture), l'U3E intervient dans des programmes interdisciplinaires faisant appel à des organismes de recherche français et étrangers. Toutes les activités de l'U3E sont effectuées selon le système de management environnemental (SME) certifié ISO 14001.