Nous assistons à une accélération de la volonté mondiale de faire converger les modes de consommation et de production vers une approche circulaire et plus durable des systèmes alimentaires. Les systèmes alimentaires sont des systèmes complexes et multidimensionnels définis par l'OCDE comme les éléments et les activités liés à la production et à la consommation d’aliments et leurs effets, notamment sur l'économie, la santé et l'environnement. Pour relever le défi de reconnecter l'agriculture, l'environnement, l'alimentation et la santé, il est nécessaire d'intégrer et d'exploiter des données provenant de sources et de formats hétérogènes. Dans ce contexte, les ontologies peuvent jouer un rôle important car elles fournissent une représentation formelle des connaissances et une structure pour l'intégration des données. Nous présentons une nouvelle ontologie de domaine basée sur le modèle générique Process and Observation Ontology (PO2). L'objectif de l’ontologie PO2/TransformON est de décrire les procédés de transformation depuis les matières premières jusqu'aux produits finis, y compris le recyclage des déchets. Le champ d'application couvre également la caractérisation des denrées alimentaires, des sous-produits utilisés en alimentation animale et des résidus agro-alimentaires ainsi que des produits biosourcés non alimentaires comme par exemple des emballages. Nous montrerons comment l’utilisation de cette ontologie couplée aux technologies du web sémantique permet de répondre aux enjeux de la Science Ouverte en publiant des jeux de données nativement FAIR (Faciles à trouver, Accessibles, Interopérables et Réutilisables). Ces données peuvent ensuite être réassemblées et réutilisées par d’autres systèmes pour l’optimisation des procédés ou l’aide à la décision multicritère.