La préservation des eaux de surface représente une préoccupation socio-économique majeure, symbolisée entre autres par la mise en ½uvre en 2000 de la Directive Cadre Européenne sur l’Eau (DCE, 2000), qui impose le retour au « bon état » chimique et écologique des masses d’eau d’ici à 2015. Cette contrainte législative a engendré (et engendre toujours) des besoins de recherche nombreux, notamment pour améliorer les procédures d’évaluation des risques écotoxicologiques des substances chimiques dans les masses d’eau, définir des mesures correctives visant à améliorer la qualité chimique des eaux, et développer des outils permettant de réellement mesurer le gain écologique découlant de ces améliorations. Plus récemment, le Grenelle de l’Environnement a confirmé au niveau national cette forte prise de conscience sociétale, en particulier avec l’élaboration du plan Ecophyto 2018 visant à réduire l'usage des produits phytosanitaires en agriculture. L’ensemble de mes recherches, débutées en 2003 dans le cadre de mon Doctorat, s’inscrit dans cette problématique finalisée de gestion des eaux. Elles concernent principalement les petits cours d’eau de tête de bassins versants, très sensibles aux diverses pressions anthropiques et notamment aux contaminations par les polluants chimiques organiques ou inorganiques. Dans ces milieux lotiques, la majorité de l’activité microbienne est assurée par les communautés benthiques, à savoir les biofilms se développant sur des substrats inertes (artificiels ou naturels) ou organiques (litières de feuilles) et les communautés sédimentaires. Ces communautés microbiennes interviennent ainsi dans des processus écologiques majeurs tels que la régulation des cycles biogéochimiques ou l’auto-épuration de zones contaminées (Battin et al., 2003). Elles interagissent précocement avec les substances dissoutes, et notamment les toxiques, et présentent une forte capacité à répondre rapidement aux changements environnementaux et à s’y adapter de manière transitoire ou irréversible (Sabater et al., 2007). En outre, ce sont des assemblages complexes, composés de microorganismes autotrophes et hétérotrophes qui présentent des sensibilités différentes selon le mode d’action des toxiques rencontrés. De par ces différentes caractéristiques, ils offrent donc un potentiel important pour évaluer l’impact écologique des toxiques dans les cours d’eau. Dans ce contexte, mes recherches ont pour cadre très général l’évaluation de la réponse structurale et fonctionnelle des communautés microbiennes aquatiques benthiques à des niveaux variables d'exposition à des pesticides organiques et inorganiques.