Les questions environnementales sont désormais pensées à l'aune de la transition écologique qui est au coeur des programmes scientifiques et politiques. Elle porte en elle la promesse d'un changement du modèle de croissance, dont les effets négatifs sur les émissions de gaz à effet de serre, sur la dégradation de la qualité de l'air, de l'eau et de la biodiversité sont connus.Le programme et les perspectives de recherches développées dans ce manuscrit ont pour ambition de prendre en compte toutes les voies possibles. Il propose une grille de lecture en termes de patrimoine de la transition écologique et de la bio économie qui, tout en étant structurée autour de questions économiques, est foncièrement interdisciplinaire.