Champignons et bactéries colonisent une infinité d’habitats sur Terre dans lesquels ils coexistent et forment des communautés complexes. Les écosystèmes forestiers offrent une multitude d’habitats pour ces micro-organismes : les tissus végétaux – vivants et morts, aériens et souterrains – et le sol, dans toute sa complexité d’horizons et de micro-niches, abritent des dizaines de milliers de micro- organismes fongiques et bactériens. Ils y exercent des activités fondamentales pour le bon fonctionnement des écosystèmes : recyclage de la matière organique, libération de minéraux essentiels complexés, facilitation de la nutrition des arbres, protection contre les stress abiotiques et biotiques... Mais certains sont aussi délétères via la production de composés toxiques, en entrant en compétition avec les plantes pour leur nutrition ou en étant responsables de maladies. L’ensemble de ces activités est influencé par les conditions environnementales rencontrées par les micro- organismes mais aussi et surtout par les interactions qu’ils établissent entre eux. Ainsi, il est crucial de comprendre comment les micro-organismes interagissent dans leur habitat naturel et en quoi ces interactions affectent leurs activités. Dans ce contexte, mes travaux de recherche ont pour but d’élucider les mécanismes d’interactions bactéries-champignons-arbres et les impacts de ces interactions sur leur biologie et leurs activités. Pendant les 15 années de recherche que couvrent ce manuscrit, je me suis en particulier attachée à répondre à trois questions principales : i. par quels mécanismes des bactéries du sol stimulent ou au contraire inhibent la formation d’ectomycorhizes par le champignon Laccaria bicolor ; ii. quels rôles jouent les bactéries du sol sur le cycle de vie des champignons du genre Tuber et en particulier la formation des truffes, iii. comment le peuplier régule la colonisation de ses tissus par les bactéries et les champignons ? Ces recherches ont été menées à différentes échelles, depuis les systèmes simplifiés en boite de Pétri sur des organismes modèles jusqu’à des systèmes plus complexes incluant l’arbre et ses communautés naturelles.