L'état actuel de la biodiversité, entrée dans sa 6ème crise d'extinction, et les impacts futurs des changements climatiques sur cette biodiversité, appellent une recherche en écologie de la conservation qui trouve un équilibre entre (1) l'approfondissement des connaissances sur les processus qui façonnent la biodiversité à différentes échelles et sur les effets des activités humaines sur ces processus et (2) la recherche de solutions pour la conservation de la biodiversité. Mon activité scientifique et technique a porté sur les relations entre les modes d'occupation du sol, les pratiques de gestion des milieux (forestiers principalement) et la biodiversité (flore vasculaire principalement) à différentes échelles spatiales et temporelles : du microhabitat, au paysage et à la région et sur le court, moyen et long terme (1-200 ans). Rattachée à la biologie/écologie de la conservation et plus largement aux solutions fondées sur la nature, son but est de mieux comprendre les mécanismes de réponse des espèces et des communautés aux pressions anthropiques et d'apporter des réponses sur la manière de mieux gérer les socio-écosystèmes et les paysages pour conserver leur biodiversité. Elle s'est structurée selon quatre domaines de recherche : l'écologie forestière, l'écologie du paysage, l'écologie historique et les stratégies d'aménagement à but de conservation. Dans ce mémoire, je présente les fondements théoriques accompagnés d'un état de l'art des connaissances, puis ma contribution à ces quatre domaines. En résumé, même si les écosystèmes forestiers sont des espaces moins soumis aux menaces d'origine anthropique que d'autres milieux, mes recherches soulignent qu'ils ne sont pas épargnés par la gestion et par la fragmentation liée à la déforestation passée, aux infrastructures de transport, à l'urbanisation et aux diverses sources de pollutions (chimiques, dont azotées [dépôts atmosphériques], sonores et lumineuses). A partir de la littérature et du bilan tiré de mon activité, je propose un projet de recherche en 3 axes et 11 thèmes. Le premier axe poursuivra les recherches en écologie historique forestière et contiendra six thèmes : (1) la reconnaissance de la valeur patrimoniale des forêts anciennes dans les politiques publiques de conservation, (2) l'analyse de la réponse d'autres groupes taxonomiques que la flore vasculaire à la continuité forestière, à partir d'analyses d'ADN environnemental et en s'intéressant aux espèces menacées, (3) l'identification des pratiques de gestion forestière pouvant être défavorables à la biodiversité typique des forêts anciennes, (4) l'analyse des arrière-effets de différents types d'usages agricoles anciens (pâture vs culture) sur la composition spécifique et fonctionnelle de la flore du sous-bois, (5) la caractérisation de l'empreinte laissée par les pratiques forestières intensives passées sur la fertilité des sols et la composition spécifique et fonctionnelle de la flore du sous-bois, et (6) la quantification par voie empirique de la dette d'extinction et du crédit de colonisation des communautés de plantes de sous-bois dans les paysages forestiers en mutation. Un second axe s'intéressera aux stratégies de conservation de la biodiversité forestière à l'échelle du paysage, et se déclinera selon deux thèmes : (7) la mise en évidence du rôle patrimonial des zones forestières les plus éloignées des influences anthropiques et (8) l'approfondissement du rôle de la structure et de la composition du paysage sur la diversité multi-taxonomique (spécifique et fonctionnelle) des communautés forestières. Dans ce second thème, je propose de tester l'hypothèse de la quantité d'habitat, l'hypothèse de l'hétérogénéité intermédiaire et enfin l'hypothèse du maintien de la diversité par la diversification des pratiques. J'envisage notamment de tester l'hypothèse de la quantité d'habitat à partir des graphes paysagers et des indices de quantité d'habitat atteignable, en m'appuyant sur mes travaux de conservation/restauration de la connectivité. Ces études consisteront notamment à rechercher quelles proportions et quelles configurations spatiales d'un ou plusieurs type(s) de gestion à l'échelle du paysage permettent de maximiser la diversité γ multi-taxonomique. Un troisième axe poursuivra les recherches sur la conservation et la restauration de la connectivité fonctionnelle et comprendra trois thèmes : (9) l'analyse des changements de connectivité fonctionnelle passés et futurs, avec la prise en compte des effets induits par les changements climatiques, (10) l'application des outils de modélisation à trois enjeux de conservation de la biodiversité (le cadre méthodologique de l'objectif de non perte nette de biodiversité, le rôle des haies dans la connectivité forestière et l'élaboration de trames fonctionnelles de forêts matures) et enfin (11) des développements méthodologiques portant sur la validation de la qualité de précision de localisation des corridors à partir de données de présence d'espèces et, plus largement, sur la consolidation des modèles d'analyse de connectivité par la télédétection, l'écologie du mouvement et la génétique du paysage. Mes futurs travaux viseront donc à croiser écologie forestière, écologie historique, écologie du paysage, stratégies d'aménagement à but de conservation et prise en compte des impacts des changements climatiques, au sein d'un projet qui reste ancré en écologie de la conservation. Trois considérations majeures, tirées de mes travaux, guideront la réalisation de ce projet : (1) les deux défis majeurs de l'érosion de la biodiversité et des dérèglements climatiques doivent être abordés conjointement ; (2) la plupart des activités humaines laissent une empreinte importante et parfois irréversible sur les écosystèmes, (3) l'espace disponible pour les activités humaines n'est pas infini, au même titre que l'ensemble des "ressources naturelles".