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SS4I: select SNP subset for imputation

Résumé : Ce logiciel, développé en Python, permet de sélectionner un panel réduit de SNP pour la réalisation de puce basse densité et pour l'imputation vers des données de génotypage de haute densité. La sélection de SNP s'effectue en tenant compte du déséquilibre de liaison (r2) entre les différentes pairs de SNP au sein d'un chromosome.
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01455929
Contributor : Archive Ouverte ProdInra Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Friday, February 3, 2017 - 8:48:50 PM
Last modification on : Wednesday, November 2, 2022 - 3:56:07 AM

Identifiers

  • HAL Id : hal-01455929, version 1
  • PRODINRA : 375448

Citation

Frédéric Herault, Jérémy Yon, Florian Herry, Sophie Allais, Pascale Le Roy. SS4I: select SNP subset for imputation. 2016. ⟨hal-01455929⟩

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