Des règles de calculs permettant de prendre en compte les incertitudes analytiques lors du calcul des rendements d'élimination des filières d'épuration ont été énoncées. Appliquées aux filières eau seule et aux filières eau+boue de 21 stations d'épuration, elles ont abouti à des valeurs consolidées de rendements d'élimination des micropolluants. Ces données ont ensuite permis de comparer de façon robuste différents procédés d'épuration des zones urbaines et rurales. Les résultats présentés sur les substances réglementées par la DCE démontrent que les stations d'épuration des eaux usées, bien que non conçues dans l'objectif de traiter les micropolluants, en éliminent un grand nombre avant rejet des eaux traitées vers les milieux naturels. Le rendement d'élimination est croissant lors des étapes de traitement primaires, secondaires et tertiaires, avec une amélioration notable du traitement lorsqu'une rétention des MES, et puis un traitement biologique avec nitrification sont appliqués. Les traitements secondaires permettent d'atteindre des rendements d'élimination de plus de 70% pour 40% des substances présentes dans les eaux usée brutes. Aucune différence de rendement n'a été observée entre les procédés à cultures libres ou fixées, des zones urbaines ou rurales, dès lors que les objectifs de traitement des filières comparées sont identiques (traitement du carbone, de l'azote, rétention des MES). L'influence des âges de boue élevés a été mise en évidence (ex. boues activées aération prolongée). Malgré tout, l'influence des conditions de fonctionnement (température, durée d'aération) reste à étudier. Pour quelques substances organiques, le procédé bioréacteur à membranes a présenté des efficacités supérieures à celles des filières biologiques nitrifiantes par cultures libres et fixées. Lorsque l'on considère les concentrations analysées dans les boues, on constate qu'une vingtaine de substances, essentiellement des métaux et HAP, y est stockée alors que d'autres sont transformées. Pour les procédés tertiaires, les technologies classiques sont peu efficaces pour éliminer les micropolluants. Des technologies avancées sont possibles pour les grosses installations en utilisant des processus d'oxydation chimique, d'adsorption ou d'osmose inverse. Pour les petites et moyennes STEP, les solutions restent à développer. Ces éléments pourront servir de base, en complément des efforts de réduction à la source, pour réduire les flux de micropolluants rejetés vers les milieux. Afin de réduire les émissions polluantes et améliorer la protection de la qualité des écosystèmes, notamment vis-à-vis des objectifs de préservation des milieux aquatiques introduits par la DCE, nos futures recherches vont viser à : * étudier les procédés avancés nouveaux vis-à-vis des substances insuffisamment dégradées par voie biologique et de déterminer les conditions opératoires optimales ; * identifier les points d'amélioration et de fiabilisation des filières de traitement conventionnelles. Les molécules visées sont celles pour lesquelles une biodégradation partielle est observée et pour lesquelles une marge d'amélioration est attendue ; * des voies de réduction des concentrations en micro-polluants hydrophobes lors du traitement des boues, notamment celles dont la destination finale est la valorisation agricole.