Dans le cadre du contrôle de surveillance imposé par la Directive Cadre européenne sur l’eau (DCE), les Etats membres doivent contrôler tous les éléments de qualité biologique, physico-chimique et hydromorphologique des eaux de transition. Ces contrôles ont pour but de fournir des informations sur l’état écologique des masses d’eau mais aussi de mettre en évidence des modifications ou fluctuations naturelles à long terme ou résultant de l’activité humaine. Parmi les éléments de qualité biologique, on trouve le compartiment « ichtyofaune » pour lequel un suivi particulier doit être mis en place. Les informations disponibles sur la composition et la répartition des peuplements piscicoles dans les eaux de transition sont très rares et dans certains cas inexistantes. Les lagunes n’échappent pas à la règle même si quelques études sont disponibles dans ces milieux. Les lagunes remplissent des fonctions biologiques majeures pour un grand nombre d’espèces marines (bars, soles, dorades, …) (Dumay et al., 2004) pour les migrateurs (mulet, anguille, lamproies ….) et pour certaines espèces d’eau douce (épinoche, sandre, barbeau, …). Ils sont souvent considérés comme les milieux les plus productifs et supportent régulièrement une activité de pêche professionnelle et amateur (Crespi, 2002). La connaissance parcellaire actuelle des peuplements lagunaires en tant que peuplement et non espèce par espèce, nous place aujourd’hui dans l’impossibilité de répondre correctement aux objectifs de la DCE. Ces connaissances de bases sont pourtant nécessaires à l’établissement d’états initiaux et à la définition d’état de référence. De plus, la mise au point d'un outil de classification de la qualité écologique des masses d'eau, basé sur le compartiment « ichtyofaune » nécessite une connaissance approfondie des peuplements de chaque masse d'eau de transition. Réaliser une première étude complète de toutes les masses d’eau de transition du district Rhône Méditerranée et Corse ayant pour but d’établir une base quantitative d’information sur la composition et la répartition des peuplements. Celle-ci doit être entreprise afin de permettre l’évaluation ultérieure des modifications et évolutions résultant des incidences naturelles ou anthropiques. Il apparaît illusoire de vouloir réaliser des inventaires exhaustifs de l'ichtyofaune qui fréquente les lagunes tout au long de l'année car ce travail demanderait un effort de pêche mensuel en multipliant les techniques de pêche pour espérer capturer la majeure partie des espèces constituant le peuplement. Ce type d'étude chronophage et coûteuse n'est pas envisageable sur un grand nombre de masses d'eau et encore moins en routine dans le cadre de contrôle de surveillance. Pour ces raisons, cette étude visera à mettre en évidence les fonctionnalités des lagunes ou services rendus par les lagunes aux poissons qui seront ensuite interprétés dans le cadre du projet LITEAU II sur la définition d’un indicateur poisson pour les eaux de transition, en terme de qualité de la masse d’eau. Cette étude fournira également les éléments nécessaires pour pouvoir proposer des mesures de contrôle standardisées, à mettre en place dès 2009.