L'Indice Diatomique Réunion (IDR) est un nouvel outil de bioindication, destiné à l'évaluation de la qualité biologique des cours d'eau de l'île de la Réunion à partir de la composition spécifique des communautés locales de diatomées benthiques. Cet outil a été développé conjointement par Asconit et l'Irstea, dans le cadre d'un programme de Recherche-Développement mis en oeuvre de 2008 à 2011 par l'Office de l'Eau et la DEAL de la Réunion, avec une contribution financière de l'Union Européenne (FEDER) et de l'ONEMA. L'objectif était de doter la Réunion d'un outil diatomique adapté aux conditions biogéographiques locales et dont la « DCE-compatibilité » pouvait être assurée pour le 2ème plan de gestion DCE à venir (2016-2021). Ainsi, l'IDR a été pensé et élaboré pour pouvoir faire l'objet d'une utilisation en routine dans les réseaux institutionnels de surveillance et tout particulièrement dans le cadre du RCS, qui servira de réseau de base pour les opérations de rapportage de l'Etat Ecologique vers l'Union Européenne. Une première version opérationnelle d'IDR a été rendue disponible dans le courant de cette année 2011. Toutefois, elle présente quelques défauts de jeunesse qui seront prochainement amendés en s'appuyant sur une collecte d'échantillons complémentaires. Les problèmes détectés concernent en particulier le niveau élevé de saprobie naturelle trouvé sur sites de référence de la Réunion, du fait d'importantes chutes saisonnières d'organes végétaux (pièces florales, feuilles, fruits...) qui tombent directement dans les cours d'eau, dans des conditions de température sensiblement plus élevées qu'en métropole. A noter aussi l'instabilité climatique inter-annuelle des 2 zones de transition climatique Nord et Sud, qui rendent la typologie des flores naturelles très variable selon les caractéristiques de la séquence climatique cumulée intervenue sur 2 ou 3 ans, un facteur fortement structurant de la composition des communautés ayant trait aux caractéristiques du régime pluviométrique et hydrologique (succession d'années à précipitations abondantes versus séquence interannuelle à fort déficit pluviométrique). La version 1 de l'IDR a vocation à être reformulée sous 1 à 2 ans et il est notamment prévu d'y faire intervenir une gradation plus importante des taxons d'alerte. Le présent guide n'aborde donc pas la méthodologie de calcul indiciel, amenée à évoluer d'ici peu, mais toutes les phases opérationnelles intervenant dans l'acquisition puis l'exploitation d'un échantillonnage diatomique pluri-spécifique. Les opérations participant à la mise en oeuvre de la méthode doivent faire l'objet d'une application rigoureuse et répétable se rapprochant de celles définies dans la Norme AFNOR NF-T 90-354. Cependant, des adaptations modérées ont été nécessaires pour tenir compte de certaines particularités du contexte local. En particulier, par rapport aux conditions métropolitaines, la pression d'échantillonnage et de comptage a dû être un peu augmentée pour tenir compte des caractéristiques peu biogènes de nombreux habitats aquatiques, ainsi que de la faible biodiversité spécifique des assemblages de la Réunion. A chaque étape de l'acquisition des données de surveillance, il convient de respecter strictement le protocole de mise en oeuvre de cette nouvelle méthode biologique. Le présent guide vise donc à cadrer la mise en oeuvre opérationnelle de l'IDR afin d'obtenir des résultats d'évaluation les plus reproductibles et les plus fiables possibles. Il synthétise de manière didactique toutes les étapes clés de la mise en oeuvre de l'IDR, allant de l'élaboration du plan d'échantillonnage aux méthodes de prélèvement, de préparation du matériel biologique et des lames permanentes, d'analyse et de comptage des échantillons et de bancarisation des résultats, l'objectif étant de limiter au maximum la variabilité du résultat indiciel lié à une différence de pratique d'opérateurs. L'hydrobiologie est une matière complexe nécessitant la capitalisation d'un bagage et d'une expérience qui s'acquièrent sur le moyen terme. Aussi, en complément du présent guide méthodologique et du guide taxonomique qui l'accompagne, il est conseillé aux nouveaux opérateurs d'avoir recours, autant que de besoin, à des formations professionnelles adaptées.