Les êtres humains sont colonisés par des micro-organismes qui se répartissent dans la sphère ORL (oto-rhino-lanrygologique), les tractus respiratoire et digestif, la cavité vaginale, l’oeil ainsi que sur les téguments. L’estomac, quant à lui, est considéré comme plutôt stérile de par son acidité élevée (pH ≈ 1-2) et n’apporte qu’une contribution négligeable à la population de micro-organismes du corps humain. L’ensemble de ces micro-organismes représente une biocénose dont le profil dépend de la nature des sites de colonisation, qui forment de véritables niches écologiques, et de la physiologie des individus, elle-même sous l’influence du patrimoine génétique et de l’environnement biotique et abiotique des individus (alimentation, facteurs de stress, milieu de vie…).