Construction d’une base de données multi-utilisateurs pour améliorer la gestion des empreintes génétiques des variétés de pomme de terre produites en plants en France - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Access content directly
Journal Articles Innovations Agronomiques Year : 2014

Building a multi-users databasis for a better management of genetic fingerprints of potato varieties produced as seeds in France

Construction d’une base de données multi-utilisateurs pour améliorer la gestion des empreintes génétiques des variétés de pomme de terre produites en plants en France

Abstract

A set of SSR markers is routinely used in 5 French labs for identification of potato cultivars by their genetic fingerprint. Information on molecular profiles has to be exchanged interactively. An internet platform named IdeAle was designed by FN3PT IT department. Login and password are needed to access the platform (https). Data are encrypted and hosted in a professional French data center. The database is now containing the profiles of 939 varieties and 342 hybrids. Information concerning 30 markers is available: 7 of the kit in use in the seed certification labs and 23 markers used in the molecular description of the Inra collection. 551 alleles are represented and 1483 profiles were published. 10 new alleles were added to the previously known pannel routinely in use thanks to the analyses of the Inra varieties collection. Transferability of the markers to various revelation systems was evaluated.
Un kit de marqueurs SSR est utilisé en routine dans 5 laboratoires français pour identifier les variétés de pomme de terre par leur empreinte génétique. L’information sur les profils moléculaires doit être échangée entre les partenaires de façon interactive. Une plateforme internet (IdeAle) a été construite par le service informatique de la FN3PT. L’accès au site se fait en mode sécurisé (https) par identifiant et mot de passe. Les données sont cryptées et localisées chez un hébergeur professionnel français. La base de données contient les profils de 939 variétés et 342 hybrides. La base contient de l’information pour 30 marqueurs : 7 de la procédure FN3PT/EPR utilisée pour la certification des plants et 23 spécifiques d’un projet Inra d’analyse de diversité génétique. Ces marqueurs représentent 551 allèles. 1483 profils ont été publiés. 10 nouveaux allèles du kit d’identification variétale ont été identifiés grâce au travail réalisé sur une partie de la collection de variétés gérée par l’Inra. La portabilité des marqueurs de ce kit sur plusieurs systèmes de révélation a été évaluée.
Fichier principal
Vignette du fichier
2014_Marhadour_Innovations Agronomiques_1.pdf (349.01 Ko) Télécharger le fichier
Origin Publisher files allowed on an open archive
Loading...

Dates and versions

hal-02635046 , version 1 (27-05-2020)

Licence

Identifiers

Cite

Sylvie Marhadour, C. Dargier, Florence Esnault, N. Laversin, Amandine Mear, et al.. Construction d’une base de données multi-utilisateurs pour améliorer la gestion des empreintes génétiques des variétés de pomme de terre produites en plants en France. Innovations Agronomiques, 2014, 35, pp.161-172. ⟨10.17180/s215-pj06⟩. ⟨hal-02635046⟩
56 View
39 Download

Altmetric

Share

Gmail Mastodon Facebook X LinkedIn More