Les organismes génétiquement modifiés (OGM) constituent une importante innovation en production agricole de ces 20 dernières années. Alors que les cultures s’étendent dans de nombreux pays tiers, celles-ci restent peu développées dans certains pays comme ceux de l’Union Européenne. Les réticences de nombreux consommateurs et producteurs ont conduit à des ensembles législatifs et réglementaires complexes visant à assurer la liberté de choix des premiers au travers de l’étiquetage et de la traçabilité, et donc une coexistence des filières, et, pour les seconds, de la coexistence des modes de productions. Biologie des plantes, organisation des territoires par les opérateurs de l’aval, aspects sociétaux et économiques rendent cette coexistence des productions OGM, conventionnelle et de l’agriculture biologique particulièrement ardue. Les seuils d’étiquetage et pratiques utilisés par les opérateurs, ainsi que la définition de filières « sans OGM » avec un seuil plus bas, amènent à arbitrer entre une coexistence flexible, basée sur un choix individuel des agriculteurs, et une coexistence via des zones de production dédiées basée sur une nouvelle organisation des territoires. Cet article fournit des éléments de réflexion sur ces deux modalités de mise en place de la coexistence entre types de production.