L’œuf de poule est le lieu de développement de l’embryon, mais aussi un aliment de base et une source importante de molécules dotées d’activités biologiques largement utilisées en santé humaine et dans les industries agroalimentaires, cosmétiques et pharmaceutiques. L’identification des protéines de l’œuf initialement réalisée par des techniques classiques de biochimie, a connu un essor considérable grâce aux développements d’outils d’analyse à haut débit, la publication de la séquence génomique de la poule et l’essor de la bioinformatique. Dans cette revue, nous décrirons quel est l’apport de la génomique fonctionnelle et comment l’analyse transcriptomique et protéomique constituent des avancées majeures dans la connaissance des protéines de l’œuf. Ces avancées ont permis en quelques années l’identification et la caractérisation dans les différents compartiments de l’œuf de centaines de nouveaux composés aux fonctions riches et variées. Des études expérimentales supplémentaires seront nécessaires pour explorer les fonctions des composés nouvellement identifiés dans l’œuf. Ces nouvelles molécules constituent potentiellement des composés biologiquement actifs aux propriétés bénéfiques pour l’Homme ou l’animal. Certains de ces composés pourront être utilisés comme marqueurs biologiques dont le polymorphisme d’un nucléotide simple (SNP) permettra de développer une Sélection Assistée par Marqueurs (SAM) pour améliorer les défenses naturelles de l’œuf et réduire le risque de toxi-infections alimentaires humaines